seq1 = pF1KE1723.tfa, 702 bp
seq2 = pF1KE1723/gi568815581r_78074762.tfa (gi568815581r:78074762_78286994), 212233 bp

>pF1KE1723 702
>gi568815581r:78074762_78286994 (Chr17)

(complement)

1-66  (100001-100066)   98% ->
67-98  (100177-100208)   100% ->
99-209  (101830-101940)   100% ->
210-303  (104313-104406)   98% ->
304-393  (111377-111466)   100% ->
394-513  (111826-111945)   100% ->
514-702  (112045-112233)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGCATTAACCTGCCCACTGTGCTGCCCGGCTCCCCCAGCAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTGCATTAACCTGCCCACTGTGCTGCCTGGCTCCCCCAGCAAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGGGCAGATCCAG         GTGATTCTCGGGCCGATGTTCTCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGGGCAGATCCAGGTG...TAGGTGATTCTCGGGCCGATGTTCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAAAAG         CACAGAGTTGATGAGACGCGTCCGTCGCTTCCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100202 GAAAAAGGTA...CAGCACAGAGTTGATGAGACGCGTCCGTCGCTTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATTGCTCAGTACAAGTGCCTGGTGATCAAGTATGCCAAAGACACTCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101864 ATTGCTCAGTACAAGTGCCTGGTGATCAAGTATGCCAAAGACACTCGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCAGCAGCTTCTGCACACATGACCG         GAACACCATGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101914 CAGCAGCAGCTTCTGCACACATGACCGGTC...CAGGAACACCATGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CGCTGCCCGCCTGCCTGCTCCGAGACGTGGCCCAGGAGGCCCTGGGCGTG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104327 CACTGCCCGCCTGCCTGCTCCGAGACGTGGCCCAGGAGGCCCTGGGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGTCATAGGCATCGACGAGGGGCAGTTT         TTCCCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104377 GCTGTCATAGGCATCGACGAGGGGCAGTTTGTA...CAGTTCCCTGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGTGGAGTTCTGCGAGGCCATGGCCAACGCCGGGAAGACCGTAATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111388 CGTGGAGTTCTGCGAGGCCATGGCCAACGCCGGGAAGACCGTAATTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGCACTGGATGGGACCTTCCAGAGGAAG         CCATTTGGGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111438 CTGCACTGGATGGGACCTTCCAGAGGAAGGTA...CAGCCATTTGGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATCCTGAACCTGGTGCCGCTGGCCGAGAGCGTGGTGAAGCTGACGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111838 ATCCTGAACCTGGTGCCGCTGGCCGAGAGCGTGGTGAAGCTGACGGCGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTGCATGGAGTGCTTCCGGGAAGCCGCCTATACCAAGAGGCTCGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111888 GTGCATGGAGTGCTTCCGGGAAGCCGCCTATACCAAGAGGCTCGGCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAAGGAG         GTCGAGGTGATTGGGGGAGCAGACAAGTACCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111938 AGAAGGAGGTA...CAGGTCGAGGTGATTGGGGGAGCAGACAAGTACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCGTGTGTCGGCTCTGCTACTTCAAGAAGGCCTCAGGCCAGCCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112078 TCCGTGTGTCGGCTCTGCTACTTCAAGAAGGCCTCAGGCCAGCCTGCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCGGACAACAAAGAGAACTGCCCAGTGCCAGGAAAGCCAGGGGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112128 GCCGGACAACAAAGAGAACTGCCCAGTGCCAGGAAAGCCAGGGGAAGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGCTGCCAGGAAGCTCTTTGCCCCACAGCAGATTCTGCAATGCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112178 TGGCTGCCAGGAAGCTCTTTGCCCCACAGCAGATTCTGCAATGCAGCCCT

    750     .
    697 GCCAAC
        ||||||
 112228 GCCAAC