seq1 = pF1KE1717.tfa, 669 bp
seq2 = pF1KE1717/gi568815589f_129532704.tfa (gi568815589f:129532704_129735461), 202758 bp

>pF1KE1717 669
>gi568815589f:129532704_129735461 (Chr9)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-415  (101351-101603)   100% ->
416-669  (102505-102758)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGAGCGAGGTGATAGAAGACGAGAAGCAATTCTATTCCAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGAGCGAGGTGATAGAAGACGAGAAGCAATTCTATTCCAAGGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTACTGGAAACAAATCCCACCCACGGTGGACGGCATGCTTGGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTACTGGAAACAAATCCCACCCACGGTGGACGGCATGCTTGGGGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGCCACATCTCCAGCATCGACATCAACAGCTCCCGGAAGTTTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGCCACATCTCCAGCATCGACATCAACAGCTCCCGGAAGTTTCTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGTTTTTGAGG         GAAGGCCCGAACAAGACAGGAACGTCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTTTTTGAGGGTA...CAGGAAGGCCCGAACAAGACAGGAACGTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCTGGACTGTGGAGCTGGCATTGGGAGGATCACCAAGCGGCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 TGCCCTGGACTGTGGAGCTGGCATTGGGAGGATCACCAAGCGGCTGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCCGCTGTTCAGAGAGGTGGATATGGTCGACATAACGGAGGACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101430 TGCCGCTGTTCAGAGAGGTGGATATGGTCGACATAACGGAGGACTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTCAAGCCAAGACCTACCTGGGGGAGGAGGGCAAGAGGGTGAGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 GTTCAAGCCAAGACCTACCTGGGGGAGGAGGGCAAGAGGGTGAGGAACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCTGTTGTGGGCTCCAGGACTTCACCCCGGAGCCGGACTCTTACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 CTTCTGTTGTGGGCTCCAGGACTTCACCCCGGAGCCGGACTCTTACGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGATCTGGATCCAGTGGGTGATAG         GCCACCTCACCGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101580 TGATCTGGATCCAGTGGGTGATAGGTG...CAGGCCACCTCACCGATCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACCTGGCCGAGTTCCTGCGGCGCTGCAAGGGCAGCCTCCGCCCCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102522 CACCTGGCCGAGTTCCTGCGGCGCTGCAAGGGCAGCCTCCGCCCCAACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATCATCGTCATCAAAGACAACATGGCCCAGGAGGGCGTGATTCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102572 CATCATCGTCATCAAAGACAACATGGCCCAGGAGGGCGTGATTCTGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACGTGGACAGCAGCGTGTGCCGGGACCTTGACGTGGTCCGCAGGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102622 ACGTGGACAGCAGCGTGTGCCGGGACCTTGACGTGGTCCGCAGGATCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGCAGTGCAGGCCTCAGCCTCCTGGCCGAGGAGAGGCAGGAGAACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102672 TGCAGTGCAGGCCTCAGCCTCCTGGCCGAGGAGAGGCAGGAGAACCTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .
    633 CGATGAGATCTACCATGTCTATAGCTTTGCCCTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102722 CGATGAGATCTACCATGTCTATAGCTTTGCCCTGAGA