seq1 = pF1KE1716.tfa, 660 bp
seq2 = pF1KE1716/gi568815596f_203606697.tfa (gi568815596f:203606697_203834909), 228213 bp

>pF1KE1716 660
>gi568815596f:203606697_203834909 (Chr2)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-409  (119937-120293)   100% ->
410-534  (122952-123076)   100% ->
535-660  (128088-128213)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCAGGCTGCTCTTGGCTCTCAACTTATTCCCTTCAATTCAAGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCAGGCTGCTCTTGGCTCTCAACTTATTCCCTTCAATTCAAGTAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GAAACAAGATTTTGGTGAAGCAGTCGCCCATGCTTGTAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...CAGGAAACAAGATTTTGGTGAAGCAGTCGCCCATGCTTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGTACGACAATGCGGTCAACCTTAGCTGCAAGTATTCCTACAATCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119976 CGTACGACAATGCGGTCAACCTTAGCTGCAAGTATTCCTACAATCTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAAGGGAGTTCCGGGCATCCCTTCACAAAGGACTGGATAGTGCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120026 TCAAGGGAGTTCCGGGCATCCCTTCACAAAGGACTGGATAGTGCTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTCTGTGTTGTATATGGGAATTACTCCCAGCAGCTTCAGGTTTACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120076 AGTCTGTGTTGTATATGGGAATTACTCCCAGCAGCTTCAGGTTTACTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACGGGGTTCAACTGTGATGGGAAATTGGGCAATGAATCAGTGACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120126 AAACGGGGTTCAACTGTGATGGGAAATTGGGCAATGAATCAGTGACATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACCTCCAGAATTTGTATGTTAACCAAACAGATATTTACTTCTGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120176 TACCTCCAGAATTTGTATGTTAACCAAACAGATATTTACTTCTGCAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAGTTATGTATCCTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120226 TGAAGTTATGTATCCTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATTATCCATGTGAAAG         GGAAACACCTTTGTCCAAGTCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120276 CCATTATCCATGTGAAAGGTA...CAGGGAAACACCTTTGTCCAAGTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTGGTGGTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122975 CTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTGGTGGTTGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123025 AGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GG         GTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123075 GGGTA...CAGGTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128127 ATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .
    624 CTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128177 CTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCC