seq1 = pF1KE1715.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KE1715/gi568815579f_8290417.tfa (gi568815579f:8290417_8503555), 213139 bp

>pF1KE1715 654
>gi568815579f:8290417_8503555 (Chr19)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-236  (109447-109642)   100% ->
237-430  (111670-111863)   100% ->
431-511  (112069-112149)   100% ->
512-654  (112997-113139)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCCGGGACGACGAGTACGACTACCTATTCAAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGGGACCCGGGACGACGAGTACGACTACCTATTCAAAGGTG...CAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGCTCATCGGGGACTCAGGCGTGGGCAAGAGCAACCTGCTGTCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109448 GGTGCTCATCGGGGACTCAGGCGTGGGCAAGAGCAACCTGCTGTCGCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACCCGCAACGAGTTCAACCTGGAGAGCAAGAGCACCATCGGCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109498 TCACCCGCAACGAGTTCAACCTGGAGAGCAAGAGCACCATCGGCGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGCCACCCGCAGCATCCAGGTGGACGGCAAGACCATCAAGGCGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109548 TTCGCCACCCGCAGCATCCAGGTGGACGGCAAGACCATCAAGGCGCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGGACACCGCTGGCCAGGAGCGCTACCGCGCCATCACCTCCGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109598 CTGGGACACCGCTGGCCAGGAGCGCTACCGCGCCATCACCTCCGCGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GTACTACCGTGGTGCAGTGGGCGCCCTGCTGGTGTACGACATCGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109648 .CAGGTACTACCGTGGTGCAGTGGGCGCCCTGCTGGTGTACGACATCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCACCTGACCTATGAGAACGTGGAGCGCTGGCTGAAGGAGCTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111716 AAGCACCTGACCTATGAGAACGTGGAGCGCTGGCTGAAGGAGCTGCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACGCAGACAGCAACATCGTCATCATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111766 CCACGCAGACAGCAACATCGTCATCATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCGCCACCTGCGGGCTGTGCCCACTGACGAGGCCCGCGCCTTCGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111816 TGCGCCACCTGCGGGCTGTGCCCACTGACGAGGCCCGCGCCTTCGCAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        AAAAGAACAACTTGTCCTTCATCGAGACCTCAGCCTTGGATTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111866 G...CAGAAAAGAACAACTTGTCCTTCATCGAGACCTCAGCCTTGGATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACTAACGTAGAGGAAGCATTCAAGAACATCCTCACAG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112112 CACTAACGTAGAGGAAGCATTCAAGAACATCCTCACAGGTG...CAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTACCGCATCGTGTCACAGAAACAGATCGCAGACCGCGCTGCCCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113000 TCTACCGCATCGTGTCACAGAAACAGATCGCAGACCGCGCTGCCCACGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTCCCCGGGGAACAACGTGGTGGACATCAGCGTGCCGCCCACCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113050 GAGTCCCCGGGGAACAACGTGGTGGACATCAGCGTGCCGCCCACCACGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGACAGAAGCCCAACAAGCTGCAGTGCTGCCAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113100 CGGACAGAAGCCCAACAAGCTGCAGTGCTGCCAGAACCTG