seq1 = pF1KE1713.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KE1713/gi568815587r_69599265.tfa (gi568815587r:69599265_69803876), 204612 bp

>pF1KE1713 648
>gi568815587r:69599265_69803876 (Chr11)

(complement)

1-232  (100001-100232)   100% ->
233-336  (100513-100616)   100% ->
337-648  (104301-104612)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGAGCGGGTGTGTGGTGGTCCACGTATGGATCCTGGCCGGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGAGCGGGTGTGTGGTGGTCCACGTATGGATCCTGGCCGGCCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCCGTGGCCGGGCGCCCCCTCGCCTTCTCGGACGCGGGGCCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCCGTGGCCGGGCGCCCCCTCGCCTTCTCGGACGCGGGGCCCCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCACTACGGCTGGGGCGACCCCATCCGCCTGCGGCACCTGTACACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCACTACGGCTGGGGCGACCCCATCCGCCTGCGGCACCTGTACACCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCCCCACGGGCTCTCCAGCTGCTTCCTGCGCATCCGTGCCGACGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCCCCACGGGCTCTCCAGCTGCTTCCTGCGCATCCGTGCCGACGGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGGACTGCGCGCGGGGCCAGAGCGCGCACA         GTTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100201 CGTGGACTGCGCGCGGGGCCAGAGCGCGCACAGTG...TAGGTTTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGATCAAGGCAGTCGCTCTGCGGACCGTGGCCATCAAGGGCGTGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 AGATCAAGGCAGTCGCTCTGCGGACCGTGGCCATCAAGGGCGTGCACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCGGTACCTCTGCATGGGCGCCGACGGCAAGATGCAGGGGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100572 GTGCGGTACCTCTGCATGGGCGCCGACGGCAAGATGCAGGGGCTGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     CTTCAGTACTCGGAGGAAGACTGTGCTTTCGAGGAGGAGATCCGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100622 .CAGCTTCAGTACTCGGAGGAAGACTGTGCTTTCGAGGAGGAGATCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGATGGCTACAATGTGTACCGATCCGAGAAGCACCGCCTCCCGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104347 CAGATGGCTACAATGTGTACCGATCCGAGAAGCACCGCCTCCCGGTCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGAGCAGTGCCAAACAGCGGCAGCTGTACAAGAACAGAGGCTTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104397 CTGAGCAGTGCCAAACAGCGGCAGCTGTACAAGAACAGAGGCTTTCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTCTCTCATTTCCTGCCCATGCTGCCCATGGTCCCAGAGGAGCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104447 ACTCTCTCATTTCCTGCCCATGCTGCCCATGGTCCCAGAGGAGCCTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCTCAGGGGCCACTTGGAATCTGACATGTTCTCTTCGCCCCTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104497 ACCTCAGGGGCCACTTGGAATCTGACATGTTCTCTTCGCCCCTGGAGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACAGCATGGACCCATTTGGGCTTGTCACCGGACTGGAGGCCGTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104547 GACAGCATGGACCCATTTGGGCTTGTCACCGGACTGGAGGCCGTGAGGAG

    650     .    :    .
    633 TCCCAGCTTTGAGAAG
        ||||||||||||||||
 104597 TCCCAGCTTTGAGAAG