seq1 = pF1KE1702.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KE1702/gi568815581f_39915475.tfa (gi568815581f:39915475_40116956), 201482 bp

>pF1KE1702 612
>gi568815581f:39915475_40116956 (Chr17)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-195  (100217-100371)   100% ->
196-303  (100759-100866)   100% ->
304-450  (101011-101157)   100% ->
451-612  (101321-101482)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGACCTGCCACCCAGAGCCCCATGAAGCTGATGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCTGGACCTGCCACCCAGAGCCCCATGAAGCTGATGGGTG...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTGCAGCTGCTGCTGTGGCACAGTGCACTCTGGACAGTGCAGGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100218 CCTGCAGCTGCTGCTGTGGCACAGTGCACTCTGGACAGTGCAGGAAGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCCCTGGGCCCTGCCAGCTCCCTGCCCCAGAGCTTCCTGCTCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100268 CCCCCCTGGGCCCTGCCAGCTCCCTGCCCCAGAGCTTCCTGCTCAAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAGAGCAAGTGAGGAAGATCCAGGGCGATGGCGCAGCGCTCCAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100318 TTAGAGCAAGTGAGGAAGATCCAGGGCGATGGCGCAGCGCTCCAGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTG         TGTGCCACCTACAAGCTGTGCCACCCCGAGGAGCTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 GCTGGTG...CAGTGTGCCACCTACAAGCTGTGCCACCCCGAGGAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTGCTCGGACACTCTCTGGGCATCCCCTGGGCTCCCCTGAGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100796 TGCTGCTCGGACACTCTCTGGGCATCCCCTGGGCTCCCCTGAGCAGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCAGCCAGGCCCTGCAGCTG         GCAGGCTGCTTGAGCCAACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100846 CCCAGCCAGGCCCTGCAGCTGGTG...CAGGCAGGCTGCTTGAGCCAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCATAGCGGCCTTTTCCTCTACCAGGGGCTCCTGCAGGCCCTGGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101031 CCATAGCGGCCTTTTCCTCTACCAGGGGCTCCTGCAGGCCCTGGAAGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCCCCCGAGTTGGGTCCCACCTTGGACACACTGCAGCTGGACGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101081 TCTCCCCCGAGTTGGGTCCCACCTTGGACACACTGCAGCTGGACGTCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACTTTGCCACCACCATCTGGCAGCAG         ATGGAAGAACTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101131 GACTTTGCCACCACCATCTGGCAGCAGGTG...CAGATGGAAGAACTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATGGCCCCTGCCCTGCAGCCCACCCAGGGTGCCATGCCGGCCTTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101335 AATGGCCCCTGCCCTGCAGCCCACCCAGGGTGCCATGCCGGCCTTCGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCTTTCCAGCGCCGGGCAGGAGGGGTCCTGGTTGCCTCCCATCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101385 CTGCTTTCCAGCGCCGGGCAGGAGGGGTCCTGGTTGCCTCCCATCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    565 AGCTTCCTGGAGGTGTCGTACCGCGTTCTACGCCACCTTGCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 AGCTTCCTGGAGGTGTCGTACCGCGTTCTACGCCACCTTGCCCAGCCC