seq1 = pF1KE1700.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KE1700/gi568815595f_187268442.tfa (gi568815595f:187268442_187471370), 202929 bp

>pF1KE1700 738
>gi568815595f:187268442_187471370 (Chr3)

1-155  (100001-100155)   100% ->
156-738  (102347-102929)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGTAGATTTCTGGACTTGGGAGCAGACATTTCAAGAACTAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGTAGATTTCTGGACTTGGGAGCAGACATTTCAAGAACTAATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGCAAAACCCCGGGCCACATGGACGCTGAAGTTGGATGGCAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGGCAAAACCCCGGGCCACATGGACGCTGAAGTTGGATGGCAACCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTAGACTGCCTGGCTCAAGGGTGGAAGCAATACCAACAGAGAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTAGACTGCCTGGCTCAAGGGTGGAAGCAATACCAACAGAGAGCATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTG         GTTCCGGTGTTCCTCCTGCCAGCGAAGTTGGGCTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTGGTG...CAGGTTCCGGTGTTCCTCCTGCCAGCGAAGTTGGGCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCCAAGTGCAGATTCTGTGCCACACGTACTGGGAGCACTGGACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102383 CGCCCAAGTGCAGATTCTGTGCCACACGTACTGGGAGCACTGGACATCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGTCAGGTGCGTATGAGGCTCTTTGGCCAAAGGTGCCAGAAGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102433 AGGGTCAGGTGCGTATGAGGCTCTTTGGCCAAAGGTGCCAGAAGTGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGTCCCAATATGAGATGCCTGAGTTCTCCTCGGATAGCACCATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 TGGTCCCAATATGAGATGCCTGAGTTCTCCTCGGATAGCACCATGAGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTGAGCAACCTGGTGCAGCATATACTGAAGAAATACTATGGAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 TCTGAGCAACCTGGTGCAGCATATACTGAAGAAATACTATGGAAATGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAGGAAGTCTCCAGAAATGCCAGTAATCCTGGAAGTGTCCCTGGAAGGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 CGAGGAAGTCTCCAGAAATGCCAGTAATCCTGGAAGTGTCCCTGGAAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCCATGACACAGCCAATTGTGAGGCATGCACTTTGGGCATATGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 102633 TCCCATGACACAGCCAATTGTGAGGCATGCACTTTGGGCATCTGTGGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGCTTAAAAAGCTACATGACAAAGCCGTCCAAATCCCTACTCCCCCACC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102683 GGGCTTAAAAAGCTGCATGACAAAGCCGTCCAAATCCCTACTCCCCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TAAAGACTGGGAATTCCTCACCTGGAATTGGTGCTGTGTACCTCGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 TAAAGACTGGGAATTCCTCACCTGGAATTGGTGCTGTGTACCTCGCAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAAGCCAAGAACCAGTCAGATGAGGCAAAAGAGGCTAAGGGGAGTGGGTA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 102783 CAAGCCAAGAACCAGTCAGCTGAGGCAAAAGAGGCTAAGGGGAGTGGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAGAAATTAGGGCCCAGTCGAGACCCAGATCCACTGAACATCTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102833 TGAGAAATTAGGGCCCAGTCGAGACCCAGATCCACTGAACATCTGTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    692 TTATTTTGCTGCTTGTATTTATTGTAGTCAAATGCTTTACATCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102883 TTATTTTGCTGCTTGTATTTATTGTAGTCAAATGCTTTACATCAGAA