seq1 = pF1KE1699.tfa, 696 bp
seq2 = pF1KE1699/gi568815595f_46398063.tfa (gi568815595f:46398063_46600896), 202834 bp

>pF1KE1699 696
>gi568815595f:46398063_46600896 (Chr3)

1-155  (100001-100155)   100% ->
156-696  (102294-102834)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGGACACAGAAGTGTGGAAGCAAATGTTTCAGGAGTTAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGGGACACAGAAGTGTGGAAGCAAATGTTTCAGGAGTTAATGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGTGAAGCCATGGCACAGGTGGACCCTGAGACCAGACAAGGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGTGAAGCCATGGCACAGGTGGACCCTGAGACCAGACAAGGGCCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCCAACGTCCTGAAGCCAGGCTGGATGCAATACCAGCAGTGGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCCCAACGTCCTGAAGCCAGGCTGGATGCAATACCAGCAGTGGACCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAG         GTTCCAGTGCTCCTCCTGCTCTCGTAACTGGGCCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAGGTG...CAGGTTCCAGTGCTCCTCCTGCTCTCGTAACTGGGCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCAAGTTCTGGTCCTTTTCCACATGAACTGGAGTGAGGAGAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102330 TGCCCAAGTTCTGGTCCTTTTCCACATGAACTGGAGTGAGGAGAAGTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGGCCAGGTGAAGATGAGGGTGTTTACCCAGAGATGTAAGAAGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102380 GGGGCCAGGTGAAGATGAGGGTGTTTACCCAGAGATGTAAGAAGTGCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAACCTCTGTTTGAGGACCCTGAGTTCACACAAGAGAACATCTCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102430 CAACCTCTGTTTGAGGACCCTGAGTTCACACAAGAGAACATCTCAAGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGAAAAACCTGGTGTTCCGAATTCTGAAGAAATGCTATAGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102480 CCTGAAAAACCTGGTGTTCCGAATTCTGAAGAAATGCTATAGAGGAAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTCAGTTGATAGAGGAGGTTCCTATGATCAAGGACATCTCTCTTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102530 TTCAGTTGATAGAGGAGGTTCCTATGATCAAGGACATCTCTCTTGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCACACAATAGTGACAACTGTGAGGCATGTCTGCAGGGCTTCTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102580 CCACACAATAGTGACAACTGTGAGGCATGTCTGCAGGGCTTCTGTGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCATACAGGTTACAAGCCTCCCCCCATCTCAGACCCCAAGAGTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102630 GCCCATACAGGTTACAAGCCTCCCCCCATCTCAGACCCCAAGAGTACACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCATTTACAAGGTGGAGGAGGTAGTTAAGCCCTGGGCCTCAGGAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 CCATTTACAAGGTGGAGGAGGTAGTTAAGCCCTGGGCCTCAGGAGAGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTCTATTCCTACGCATGCCAAAACCACATCTGTAGGAACTTAAGCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102730 GTCTATTCCTACGCATGCCAAAACCACATCTGTAGGAACTTAAGCATTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTGCTGTTGTGTCATTCTCATTGTTATCGTGGTGATTGTTGTAAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102780 CTGCTGTTGTGTCATTCTCATTGTTATCGTGGTGATTGTTGTAAAAACTG

    700     .
    692 CTATA
        |||||
 102830 CTATA