seq1 = pF1KE1697.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KE1697/gi568815595f_187097516.tfa (gi568815595f:187097516_187300067), 202552 bp

>pF1KE1697 789
>gi568815595f:187097516_187300067 (Chr3)

1-272  (100001-100272)   100% ->
273-789  (102036-102552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGATTTTTAGACCGTGGAGACTGCGCTGCCCTGCCCTGCACCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGATTTTTAGACCGTGGAGACTGCGCTGCCCTGCCCTGCACCTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCACTCTCCGTGTTCTCACTAAGGTGGAAATTGCCTTCCCTCACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCACTCTCCGTGTTCTCACTAAGGTGGAAATTGCCTTCCCTCACTACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGACCATGTGTAAAAGCGTGACCACAGATGAGTGGAAGAAAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGACCATGTGTAAAAGCGTGACCACAGATGAGTGGAAGAAAGTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGAGAAGATGGAGGAGGCAAAGCCGGCTGACAGCTGGGACCTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATGAGAAGATGGAGGAGGCAAAGCCGGCTGACAGCTGGGACCTCATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACCCCAACCTCAAGCACAATGTGCTGAGCCCTGGTTGGAAGCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACCCCAACCTCAAGCACAATGTGCTGAGCCCTGGTTGGAAGCAGTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAATTGCATGCTTCAGGCAG         GTTCCACTGCTCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100251 TGGAATTGCATGCTTCAGGCAGGTG...CAGGTTCCACTGCTCCTGGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGCACACCTGGCAGTCGCCCTACGTGGTCATCCTCTTCCACATGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102055 TGGCACACCTGGCAGTCGCCCTACGTGGTCATCCTCTTCCACATGTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACCGCGCCCAGCGGGCGGGCTCGGTGCGCATGCGCGTCTTCAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102105 GGACCGCGCCCAGCGGGCGGGCTCGGTGCGCATGCGCGTCTTCAAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTGCTATGAGTGCGGCACGGCGCGGCTGGACGAGTCCAGCATGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102155 TGTGCTATGAGTGCGGCACGGCGCGGCTGGACGAGTCCAGCATGCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGAACATCGAGGGCCTGGTGGACAACCTCATCACCAGCCTGCGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102205 GAGAACATCGAGGGCCTGGTGGACAACCTCATCACCAGCCTGCGCGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTGCTACGGCGAGCGTGGCGGCCAGTACCGCATCCACGTGGCCAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102255 GTGCTACGGCGAGCGTGGCGGCCAGTACCGCATCCACGTGGCCAGCCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGACAACCGGCGGCACCGCGGAGAGTTCTGCGAGGCCTGCCAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102305 AGGACAACCGGCGGCACCGCGGAGAGTTCTGCGAGGCCTGCCAGGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCGTGCACTGGAAGCCCAGCGAGAAGCTGCTGGAGGAGGAGGCGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102355 ATCGTGCACTGGAAGCCCAGCGAGAAGCTGCTGGAGGAGGAGGCGACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTACACCTTCTCCCGGGCGCCCAGCCCCACCAAGTCGCAGGACCAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 CTACACCTTCTCCCGGGCGCCCAGCCCCACCAAGTCGCAGGACCAGACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTCAGGCTGGAACTTCTGCTCTATCCCCTGGTGCTTGTTTTGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102455 GCTCAGGCTGGAACTTCTGCTCTATCCCCTGGTGCTTGTTTTGGGCCACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    742 GTCCTGCTGCTGATCATCTACCTGCAGTTCTCTTTCCGTAGCTCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102505 GTCCTGCTGCTGATCATCTACCTGCAGTTCTCTTTCCGTAGCTCCGTA