seq1 = pF1KE1690.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KE1690/gi568815587f_58522753.tfa (gi568815587f:58522753_58724519), 201767 bp

>pF1KE1690 600
>gi568815587f:58522753_58724519 (Chr11)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-600  (101282-101767)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTCACAGAGCATTCACCGCTGACCCCTCACCGTCGGGACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTCACAGAGCATTCACCGCTGACCCCTCACCGTCGGGACCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCCGCTCTATCTGGCTAGCAAGGAAGATTCGTTCAGACCTGACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGCCGCTCTATCTGGCTAGCAAGGAAGATTCGTTCAGACCTGACTGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTACGGAATCCTAT         GTGAAGCATCAGGGCCTGAACAAGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTACGGAATCCTATGTA...CAGGTGAAGCATCAGGGCCTGAACAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAACCTGGACTCTGCGGATGGGATGCCAGTGGCAAGCACTGATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101309 ATCAACCTGGACTCTGCGGATGGGATGCCAGTGGCAAGCACTGATCAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGTGAGCTGACCGAGGCAGAGCGACTCCAAGAGAACCTTCAAGCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 GAGTGAGCTGACCGAGGCAGAGCGACTCCAAGAGAACCTTCAAGCTTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTACCTTCCATGTTTTGTTGGCCAGGCTCTTAGAAGACCAGCAGGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 GTACCTTCCATGTTTTGTTGGCCAGGCTCTTAGAAGACCAGCAGGTGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTACCCCAACCGAAGGTGACTTCCATCAAGCTATACATACCCTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101459 TTTACCCCAACCGAAGGTGACTTCCATCAAGCTATACATACCCTTCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAAGTCGCTGCCTTTGCATACCAGATAGAGGAGTTAATGATACTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 CCAAGTCGCTGCCTTTGCATACCAGATAGAGGAGTTAATGATACTCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AATACAAGATCCCCCGCAATGAGGCTGATGGGATGCCTATTAATGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 AATACAAGATCCCCCGCAATGAGGCTGATGGGATGCCTATTAATGTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGGTGGTCTCTTTGAGAAGAAGCTGTGGGGCCTAAAGGTGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 GATGGTGGTCTCTTTGAGAAGAAGCTGTGGGGCCTAAAGGTGCTGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTTTCACAGTGGACAGTAAGGTCCATCCATGACCTTCGTTTCATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 GCTTTCACAGTGGACAGTAAGGTCCATCCATGACCTTCGTTTCATTTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCATCAGACTGGGATCCCAGCACGTGGGAGCCATTATATTGCTAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101709 CTCATCAGACTGGGATCCCAGCACGTGGGAGCCATTATATTGCTAACAAC

    600     .
    592 AAGAAAATG
        |||||||||
 101759 AAGAAAATG