seq1 = pF1KE1688.tfa, 597 bp
seq2 = pF1KE1688/gi568815596f_203836815.tfa (gi568815596f:203836815_204057883), 221069 bp

>pF1KE1688 597
>gi568815596f:203836815_204057883 (Chr2)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-394  (118822-119157)   100% ->
395-501  (119845-119951)   100% ->
502-597  (120985-121080)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTCAGGCCTCTGGTATTTCTTTCTCTTCTGCTTGCGCATTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTCAGGCCTCTGGTATTTCTTTCTCTTCTGCTTGCGCATTAAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTAACAG         GAGAAATCAATGGTTCTGCCAATTATGAGATGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTAACAGGTA...CAGGAGAAATCAATGGTTCTGCCAATTATGAGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTATATTTCACAACGGAGGTGTACAAATTTTATGCAAATATCCTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118855 TTATATTTCACAACGGAGGTGTACAAATTTTATGCAAATATCCTGACATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCAGCAATTTAAAATGCAGTTGCTGAAAGGGGGGCAAATACTCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118905 GTCCAGCAATTTAAAATGCAGTTGCTGAAAGGGGGGCAAATACTCTGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCACTAAGACAAAAGGAAGTGGAAACACAGTGTCCATTAAGAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118955 TCTCACTAAGACAAAAGGAAGTGGAAACACAGTGTCCATTAAGAGTCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATTCTGCCATTCTCAGTTATCCAACAACAGTGTCTCTTTTTTTCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119005 AATTCTGCCATTCTCAGTTATCCAACAACAGTGTCTCTTTTTTTCTATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACTTGGACCATTCTCATGCCAACTATTACTTCTGCAACCTATCAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119055 AACTTGGACCATTCTCATGCCAACTATTACTTCTGCAACCTATCAATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATCCTCCTCCTTTTAAAGTAACTCTTACAGGAGGATATTTGCATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119105 TGATCCTCCTCCTTTTAAAGTAACTCTTACAGGAGGATATTTGCATATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATG         AATCACAACTTTGTTGCCAGCTGAAGTTCTGGTTACCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119155 ATGGTA...CAGAATCACAACTTTGTTGCCAGCTGAAGTTCTGGTTACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATAGGATGTGCAGCCTTTGTTGTAGTCTGCATTTTGGGATGCATACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119883 ATAGGATGTGCAGCCTTTGTTGTAGTCTGCATTTTGGGATGCATACTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTGTTGGCTTACAAAAAAG         AAGTATTCATCCAGTGTGCACG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119933 TTGTTGGCTTACAAAAAAGGTA...CAGAAGTATTCATCCAGTGTGCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCTAACGGTGAATACATGTTCATGAGAGCAGTGAACACAGCCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121007 ACCCTAACGGTGAATACATGTTCATGAGAGCAGTGAACACAGCCAAAAAA

    600     .    :    .    :    .
    574 TCTAGACTCACAGATGTGAC CCTA
        ||||||||||||| | ||||-||-|
 121057 TCTAGACTCACAGGTATGACTCC A