seq1 = pF1KE1686.tfa, 594 bp
seq2 = pF1KE1686/gi568815589f_128049526.tfa (gi568815589f:128049526_128252284), 202759 bp

>pF1KE1686 594
>gi568815589f:128049526_128252284 (Chr9)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-275  (100713-100849)   100% ->
276-355  (102113-102192)   100% ->
356-475  (102381-102500)   100% ->
476-577  (102658-102759)   100% ->
578-594  (103575-103591)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTAGGTCTCCTGTGGCTGGGCCTAGCCCTGTTGGGGGCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTAGGTCTCCTGTGGCTGGGCCTAGCCCTGTTGGGGGCTCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCAGGCCCAGGACTCCACCTCAGACCTGATCCCAGCCCCACCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCAGGCCCAGGACTCCACCTCAGACCTGATCCCAGCCCCACCTCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGGTCCCTCTGCAGCAGAACTTCCAGGACAACCAA         TTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 GCAAGGTCCCTCTGCAGCAGAACTTCCAGGACAACCAAGTA...CAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGGGAAGTGGTATGTGGTAGGCCTGGCAGGGAATGCAATTCTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 CAGGGGAAGTGGTATGTGGTAGGCCTGGCAGGGAATGCAATTCTCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACAAAGACCCGCAAAAGATGTATGCCACCATCTATGAGCTGAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 AGACAAAGACCCGCAAAAGATGTATGCCACCATCTATGAGCTGAAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGAGCTACAATGTCACCTCCGTCCTGTTTAG         GAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100816 ACAAGAGCTACAATGTCACCTCCGTCCTGTTTAGGTG...AAGGAAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTGTGACTACTGGATCAGGACTTTTGTTCCAGGTTGCCAGCCCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102120 AAGTGTGACTACTGGATCAGGACTTTTGTTCCAGGTTGCCAGCCCGGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTCACGCTGGGCAACATTAAGA         GTTACCCTGGATTAACGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102170 GTTCACGCTGGGCAACATTAAGAGTG...CAGGTTACCCTGGATTAACGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTACCTCGTCCGAGTGGTGAGCACCAACTACAACCAGCATGCTATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 GTTACCTCGTCCGAGTGGTGAGCACCAACTACAACCAGCATGCTATGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTTCAAGAAAGTTTCTCAAAACAGGGAGTACTTCAAGATCACCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102449 TTCTTCAAGAAAGTTTCTCAAAACAGGGAGTACTTCAAGATCACCCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CG         GGAGAACCAAGGAGCTGACTTCGGAACTAAAGGAGAACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102499 CGGTG...CAGGGAGAACCAAGGAGCTGACTTCGGAACTAAAGGAGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCATCCGCTTCTCCAAATCTCTGGGCCTCCCTGAAAACCACATCGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102697 TCATCCGCTTCTCCAAATCTCTGGGCCTCCCTGAAAACCACATCGTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .
    565 CCTGTCCCAATCG         ACCAGTGTATCGACGGC
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102747 CCTGTCCCAATCGGTA...CAGACCAGTGTATCGACGGC