seq1 = pF1KE1685.tfa, 591 bp
seq2 = pF1KE1685/gi568815582f_88538980.tfa (gi568815582f:88538980_88740069), 201090 bp

>pF1KE1685 591
>gi568815582f:88538980_88740069 (Chr16)

1-335  (99997-100330)   99% ->
336-591  (100835-101090)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGCTCCTCCCCGGCCTCCTGTTTCTGACCTGGCTGCACACATGCCT
        |  |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 ACCA GCTCCTCCCCGGCCTCCTGTTTCTGACCTGGCTGCACACATGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCACCATGACCCCTCCCTCAGGGGGCACCCCCACAGTCACGGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GGCCCACCATGACCCCTCCCTCAGGGGGCACCCCCACAGTCACGGTACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACACTGCTACTCGGCTGAGGAACTGCCCCTCGGCCAGGCCCCCCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CACACTGCTACTCGGCTGAGGAACTGCCCCTCGGCCAGGCCCCCCCACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTGGCTCGAGGTGCCAAGTGGGGGCAGGCTTTGCCTGTAGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 CTGCTGGCTCGAGGTGCCAAGTGGGGGCAGGCTTTGCCTGTAGCCCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCAGCCTGGAGGCAGCAAGCCACAGGGGGAGGCACGAGAGGCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 GTCCAGCCTGGAGGCAGCAAGCCACAGGGGGAGGCACGAGAGGCCCTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTACGACCCAGTGCCCGGTGCTGCGGCCGGAGGAGGTGTTGGAGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 CTACGACCCAGTGCCCGGTGCTGCGGCCGGAGGAGGTGTTGGAGGCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCACCAGCGCTCCATCTCACCCTGGAGATACCG         TGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100296 ACCCACCAGCGCTCCATCTCACCCTGGAGATACCGGTG...CAGTGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACGGATGAGGACCGCTATCCACAGAAGCTGGCCTTCGCCGAGTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100841 CACGGATGAGGACCGCTATCCACAGAAGCTGGCCTTCGCCGAGTGCCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGAGGCTGTATCGATGCACGGACGGGCCGCGAGACAGCTGCGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 GCAGAGGCTGTATCGATGCACGGACGGGCCGCGAGACAGCTGCGCTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCGTGCGGCTGCTCCAGAGCCTGCTGGTGCTGCGCCGCCGGCCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 TCCGTGCGGCTGCTCCAGAGCCTGCTGGTGCTGCGCCGCCGGCCCTGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGCGACGGCTCGGGGCTCCCCACACCTGGGGCCTTTGCCTTCCACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100991 CCGCGACGGCTCGGGGCTCCCCACACCTGGGGCCTTTGCCTTCCACACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTTCATCCACGTCCCCGTCGGCTGCACCTGCGTGCTGCCCCGTTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101041 AGTTCATCCACGTCCCCGTCGGCTGCACCTGCGTGCTGCCCCGTTCAGTG