seq1 = pF1KE1684.tfa, 588 bp
seq2 = pF1KE1684/gi568815579r_39143635.tfa (gi568815579r:39143635_39344967), 201333 bp

>pF1KE1684 588
>gi568815579r:39143635_39344967 (Chr19)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-258  (100474-100551)   100% ->
259-408  (100811-100960)   100% ->
409-492  (101061-101144)   100% ->
493-588  (101238-101333)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGGGGACTGCATGCCAGTGCTGGTGCTGATGGCCGCAGTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGGGGACTGCATGCCAGTGCTGGTGCTGATGGCCGCAGTGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGACTGGAGCAGTTCCTGTCGCCAGGCTCCGCGGGGCTCTCCCGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGACTGGAGCAGTTCCTGTCGCCAGGCTCCGCGGGGCTCTCCCGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGGGGCTGCCACATAGCCCAGTTCAAGTCCCTGTCTCCACAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAGGGGCTGCCACATAGCCCAGTTCAAGTCCCTGTCTCCACAGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCCTTTAAGAGGGCCAAAGATGCCTTA         GAAGAGTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 CAGGCCTTTAAGAGGGCCAAAGATGCCTTAGTG...TAGGAAGAGTCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGCTGAAGGACTGCAAGTGCCGCTCCCGCCTCTTCCCCAGGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100485 TCTGCTGAAGGACTGCAAGTGCCGCTCCCGCCTCTTCCCCAGGACCTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTGAGGCAGCTGCAG         GTGAGGGAGCGCCCCGTGGCTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100535 ACCTGAGGCAGCTGCAGGTG...CAGGTGAGGGAGCGCCCCGTGGCTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGCTGAGCTGGCCCTGACGCTGAAGGTTCTGGAGGCCACCGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100835 GAGGCTGAGCTGGCCCTGACGCTGAAGGTTCTGGAGGCCACCGCTGACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCCAGCCCTGGGGGATGTCTTGGACCAGCCCCTTCACACCCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 TGACCCAGCCCTGGGGGATGTCTTGGACCAGCCCCTTCACACCCTGCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATATCCTCTCCCAGCTCCGGGCCTGT         ATCCAGCCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100935 ATATCCTCTCCCAGCTCCGGGCCTGTGTG...CAGATCCAGCCTCAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGGCAGGGCCCAGGACCCGGGGCCGCCTCCACCATTGGCTGCACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 ACGGCAGGGCCCAGGACCCGGGGCCGCCTCCACCATTGGCTGCACCGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGGAGGCCCCAAAAAAG         GAGTCCCCTGGCTGCCTCGAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101126 CCAGGAGGCCCCAAAAAAGGTG...CAGGAGTCCCCTGGCTGCCTCGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTCTGTCACCTTCAACCTCTTCCGCCTCCTCACGCGAGACCTGAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101260 CCTCTGTCACCTTCAACCTCTTCCGCCTCCTCACGCGAGACCTGAATTGT

    600     .    :    .    :
    565 GTTGCCAGCGGGGACCTGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||
 101310 GTTGCCAGCGGGGACCTGTGTGTC