seq1 = pF1KE1669.tfa, 564 bp
seq2 = pF1KE1669/gi568815595f_46479093.tfa (gi568815595f:46479093_46681247), 202155 bp

>pF1KE1669 564
>gi568815595f:46479093_46681247 (Chr3)

1-35  (98878-98912)   100% ->
36-88  (100003-100055)   100% ->
89-223  (100140-100274)   100% ->
224-338  (100647-100761)   100% ->
339-448  (100859-100968)   100% ->
449-564  (102040-102155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTGCAGGAAGATGGCCCGCTTCTCTTACAG         TGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  98878 ATGGACTGCAGGAAGATGGCCCGCTTCTCTTACAGGTA...TAGTGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTGGATCATGGCCATTTCTAAAGTCTTTGAACTGGGATTAGTTGCCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100009 TTGGATCATGGCCATTTCTAAAGTCTTTGAACTGGGATTAGTTGCCGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     89       GGCTGGGCCATCAGGAATTTGCTCGTCCATCTCGGGGATACCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 ...AAGGGCTGGGCCATCAGGAATTTGCTCGTCCATCTCGGGGATACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCCTTCAGAGATGACAGCATTTGGCCCCAGGAGGAGCCTGCAATTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100184 GCCTTCAGAGATGACAGCATTTGGCCCCAGGAGGAGCCTGCAATTCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGGTCTTCCCAGCGTGTGCCGCCCATGGGGATACAGCACA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100234 TCGGTCTTCCCAGCGTGTGCCGCCCATGGGGATACAGCACAGTA...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTAAGGAGCTAAACAGAACCTGCTGCCTGAATGGGGGAACCTGCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 GTAAGGAGCTAAACAGAACCTGCTGCCTGAATGGGGGAACCTGCATGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGTCCTTTTGTGCCTGCCCTCCCTCCTTCTACGGACGGAACTGTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 GGGTCCTTTTGTGCCTGCCCTCCCTCCTTCTACGGACGGAACTGTGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGATGTGCGCAAAGA         GAACTGTGGGTCTGTGCCCCATGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100747 CGATGTGCGCAAAGAGTA...CAGGAACTGTGGGTCTGTGCCCCATGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTGGCTGCCCAAGAAGTGTTCCCTGTGTAAATGCTGGCACGGTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 CCTGGCTGCCCAAGAAGTGTTCCCTGTGTAAATGCTGGCACGGTCAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCTGCTTTCCTCAGGCATTTCTACCCGGCTGTG         ATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100935 CGCTGCTTTCCTCAGGCATTTCTACCCGGCTGTGGTA...CAGATGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGATGGATGAGCACCTCGTGGCTTCCAGGACTCCAGAACTACCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102047 TGTGATGGATGAGCACCTCGTGGCTTCCAGGACTCCAGAACTACCACCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCACGTACTACCACTTTTATGCTAGTTGGCATCTGCCTTTCTATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102097 CTGCACGTACTACCACTTTTATGCTAGTTGGCATCTGCCTTTCTATACAA

    600     .
    556 AGCTACTAT
        |||||||||
 102147 AGCTACTAT