seq1 = pF1KE1668.tfa, 564 bp
seq2 = pF1KE1668/gi568815582f_2967375.tfa (gi568815582f:2967375_3181994), 214620 bp

>pF1KE1668 564
>gi568815582f:2967375_3181994 (Chr16)

3-54  (99990-100041)   92% ->
55-114  (100180-100239)   100% ->
115-141  (100610-100636)   100% ->
142-201  (100806-100865)   100% ->
202-564  (101616-101978)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      3 GTGCTTCCCGAAGGTCCTCTCTGATGACATGAAGAAGCTGAAGGCCCGAA
        ||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 GTTATTTCCGCAGGTCCTCTCTGATGACATGAAGAAGCTGAAGGCCCGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     53 TG         CACCAGGCCATAGAAAGATTTTATGATAAAATGCAAAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 TGGTA...CAGCACCAGGCCATAGAAAGATTTTATGATAAAATGCAAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94 GCAGAATCAGGACGTGGACAG         GTGATGTCGAGCCTGGCAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100219 GCAGAATCAGGACGTGGACAGGTG...CAGGTGATGTCGAGCCTGGCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135 GCTGGAG         GACGACTTCAAAGAGGGCTACCTGGAGACAGTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100630 GCTGGAGGTG...CAGGACGACTTCAAAGAGGGCTACCTGGAGACAGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176 CGGCTTATTATGAGGAGCAGCACCCA         GAGCTCACTCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100840 CGGCTTATTATGAGGAGCAGCACCCAGTG...CAGGAGCTCACTCCTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    217 CTTGAAAAAGAAAGAGATGGATTACGGTGCCGAGGCAACAGATCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101631 CTTGAAAAAGAAAGAGATGGATTACGGTGCCGAGGCAACAGATCCCCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    267 CCCGGATGTTGAGGATCCCGCAACCGAGGAGCCTGGGGAGAGCTTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101681 CCCGGATGTTGAGGATCCCGCAACCGAGGAGCCTGGGGAGAGCTTTTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317 ACAAGGTCATGAGATGGTTCCAGGCCATGCTGCAGCGGCTGCAGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101731 ACAAGGTCATGAGATGGTTCCAGGCCATGCTGCAGCGGCTGCAGACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367 TGGCACGGGGTTCTGGCCTGGGTGAAGGAGAAGGTGGTGGCCCTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 TGGCACGGGGTTCTGGCCTGGGTGAAGGAGAAGGTGGTGGCCCTGGTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    417 TGCAGTGCAGGCCCTCTGGAAACAGTTCCAGAGTTTCTGCTGCTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101831 TGCAGTGCAGGCCCTCTGGAAACAGTTCCAGAGTTTCTGCTGCTCTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467 CAGAGCTCTTCATGTCCTCTTTCCAGTCCTACGGAGCCCCACGGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101881 CAGAGCTCTTCATGTCCTCTTTCCAGTCCTACGGAGCCCCACGGGGGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    517 AAGGAGGAGCTGACACCCCAGAAGTGCTCTGAACCCCAATCCTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101931 AAGGAGGAGCTGACACCCCAGAAGTGCTCTGAACCCCAATCCTCAAAA