seq1 = pF1KE1666.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KE1666/gi568815579r_41856849.tfa (gi568815579r:41856849_42059292), 202444 bp

>pF1KE1666 555
>gi568815579r:41856849_42059292 (Chr19)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-269  (100345-100557)   100% ->
270-367  (100910-101007)   100% ->
368-469  (102174-102275)   100% ->
470-555  (102359-102444)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGCAGAAGGACCAGCAGAAAGATGCCGAGGCGGAAGGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCGCAGAAGGACCAGCAGAAAGATGCCGAGGCGGAAGGGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAC         GACCCTGCTGCCGAAGCTGATTCCCTCCGGTGCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCACGTG...CAGGACCCTGCTGCCGAAGCTGATTCCCTCCGGTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGGGAGTGGCTGGAGCGGCGCCGCGCGACCATCCGGCCCTGGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100380 GCCGGGAGTGGCTGGAGCGGCGCCGCGCGACCATCCGGCCCTGGAGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGTGGACCAGCAGCGCTTCTCACGGCCCCGCAACCTGGGAGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100430 TTCGTGGACCAGCAGCGCTTCTCACGGCCCCGCAACCTGGGAGAGCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCGCCTCGTACGCAACGTGGAGTACTACCAGAGCAACTATGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100480 CCAGCGCCTCGTACGCAACGTGGAGTACTACCAGAGCAACTATGTGTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTCCTGGGCCTCATCCTGTACTGTGT         GGTGACGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100530 TGTTCCTGGGCCTCATCCTGTACTGTGTGTG...CAGGGTGACGTCCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTTGCTGGTGGCTCTGGCTGTCTTTTTCGGCGCCTGTTACATTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100923 ATGTTGCTGGTGGCTCTGGCTGTCTTTTTCGGCGCCTGTTACATTCTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGCGCACCTTGGAGTCCAAGCTTGTGCTCTTTG         GCCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100973 TCTGCGCACCTTGGAGTCCAAGCTTGTGCTCTTTGGTG...CAGGCCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGAGCCCAGCGCATCAGTATGCTCTGGCTGGAGGCATCTCCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102180 AGGTGAGCCCAGCGCATCAGTATGCTCTGGCTGGAGGCATCTCCTTCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTTCTGGCTGGCTGGTGCGGGCTCGGCCGTCTTCTGGGTGCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102230 TTCTTCTGGCTGGCTGGTGCGGGCTCGGCCGTCTTCTGGGTGCTGGGTG.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470      GAGCCACCCTGGTGGTCATCGGCTCCCACGCTGCCTTCCACCAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102280 ..CAGGAGCCACCCTGGTGGTCATCGGCTCCCACGCTGCCTTCCACCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAGGCTGTGGACGGGGAGGAGCTGCAGATGGAACCCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102404 TTGAGGCTGTGGACGGGGAGGAGCTGCAGATGGAACCCGTG