seq1 = pF1KE1665.tfa, 552 bp
seq2 = pF1KE1665/gi568815593r_54879335.tfa (gi568815593r:54879335_55085517), 206183 bp

>pF1KE1665 552
>gi568815593r:54879335_55085517 (Chr5)

(complement)

1-301  (100001-100301)   100% ->
302-451  (103372-103521)   100% ->
452-552  (106083-106183)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGCGTCTTGCTGCTGACCACGCTCCTCGTGCCTGCACACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGCGTCTTGCTGCTGACCACGCTCCTCGTGCCTGCACACCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCCTGGAGCAATAATTATGCGGTGGACTGCCCTCAACACTGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCCTGGAGCAATAATTATGCGGTGGACTGCCCTCAACACTGTGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGTGAGTGCAAAAGCAGCCCGCGCTGCAAGAGGACAGTGCTCGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGTGAGTGCAAAAGCAGCCCGCGCTGCAAGAGGACAGTGCTCGACGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGGCTGCTGCCGAGTGTGCGCTGCAGGGCGGGGAGAAACTTGCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGGCTGCTGCCGAGTGTGCGCTGCAGGGCGGGGAGAAACTTGCTACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACAGTCTCAGGCATGGATGGCATGAAGTGTGGCCCGGGGCTGAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACAGTCTCAGGCATGGATGGCATGAAGTGTGGCCCGGGGCTGAGGTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCCTTCTAATGGGGAGGATCCTTTTGGTGAAGAGTTTGGTATCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCCTTCTAATGGGGAGGATCCTTTTGGTGAAGAGTTTGGTATCTGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 G         ACTGTCCCTACGGCACCTTCGGGATGGATTGCAGAGAGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTA...CAGACTGTCCCTACGGCACCTTCGGGATGGATTGCAGAGAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGCAACTGCCAGTCAGGCATCTGTGACAGGGGGACGGGAAAATGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 CTGCAACTGCCAGTCAGGCATCTGTGACAGGGGGACGGGAAAATGCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AATTCCCCTTCTTCCAATATTCAGTAACCAAGTCTTCCAACAGATTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 AATTCCCCTTCTTCCAATATTCAGTAACCAAGTCTTCCAACAGATTTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTCTCACGG         AGCATGACATGGCATCTGGAGATGGCAATAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 TCTCTCACGGGTA...CAGAGCATGACATGGCATCTGGAGATGGCAATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGAGAGAAGAAGTTGTGAAAGAGAATGCTGCCGGGTCTCCCGTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106114 TGTGAGAGAAGAAGTTGTGAAAGAGAATGCTGCCGGGTCTCCCGTAATGA

    550     .    :    .    :
    533 GGAAATGGTTAAATCCACGC
        ||||||||||||||||||||
 106164 GGAAATGGTTAAATCCACGC