seq1 = pF1KE1664.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KE1664/gi568815582r_35069694.tfa (gi568815582r:35069694_35270242), 200549 bp

>pF1KE1664 549
>gi568815582r:35069694_35270242 (Chr16)

(complement)

1-549  (100001-100549)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAAGCTGTTCTCGCTGAAGCAGCAGAAGAAGGAGGAGGAGTCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100001 ATGATCAAGCTGTTCTCGCTGAAGCAGCAGAAGAAGGAGGAGTAGTCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGGCACCAAGGGCAGCAGCAAGAAGGCGTCGGCGGCGCAGCTGCGGA
        ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGGCACCAAGCGCAGCAGCAAGAAGGCGTCGGCGGCGCAGCTGCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGAAGGACATAAACGAGCTGAACCTGCCCAAGACGTGTGATATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGAAGGACATAAACGAGCTGAACCTGCCCAAGACGTGTGATATCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTCAGATCCAGACGACCTCCTCAACTTCAAGCTGGTCATCTGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100151 TTCTCAGATCCAGACGACCTCCTCAACTTCAAGTTGGTCATCTGTCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGGGCTTCTACAAGAGTGGGAAGTTTGTGTTCAGTTTTAAGGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGGGCTTCTACAAGAGTGGGAAGTTTGTGTTCAGTTTTAAGGTGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGTTACCCGCATGATCCCCCCAAGGTGAAGTGTGAGACAATGGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGTTACCCGCATGATCCCCCCAAGGTGAAGTGTGAGACAATGGTCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCCCAACATTGACCTCGAGGGCAACGTCTGCCTCAACATCCTCAGAGA
        ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCCCAACATTGAAATCGAGGGCAACGTCTGCCTCAACATCCTCAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACTGGAAGCCAGTCCTTACGATAAACTCCATAATTTATGGCCTGCAGT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACTGGAAGCCAGTCCTTACGATAAACTCCATAATTTATGGCCTGCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCTCTTCTTGGAGCCCAACCCCGAGGACCCACTGAACAAGGAGGCCGCA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100401 ATCTCTACTTGGAGCCCAACCCCGAGGACCCACTGAACAAGAAGGCCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGTCCTGCAGAACAACCGGCGGCTGTTTGAGCAGAACGTGCAGCGCTC
        |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||
 100451 GAGGTCCTGCAGAACAACCGGCAGCTGTTGGAGCAGAACGTGCAGCCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    501 CATGCGGGGTGGCTACATCGGCTCCACCTACTTTGAGCGCTGCCTGAAA
        |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
 100501 CATGCGGGATGGCTACATAGGCTCCACCTACTTCGAGCGCTGCCTGAAA