seq1 = pF1KE1659.tfa, 528 bp
seq2 = pF1KE1659/gi568815597f_206765853.tfa (gi568815597f:206765853_206968561), 202709 bp

>pF1KE1659 528
>gi568815597f:206765853_206968561 (Chr1)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-225  (100447-100512)   100% ->
226-378  (100632-100784)   100% ->
379-453  (101532-101606)   100% ->
454-528  (102635-102709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGCCTCTAGTCTTGCCTTCAGCCTTCTCTCTGCTGCGTTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAGCCTCTAGTCTTGCCTTCAGCCTTCTCTCTGCTGCGTTTTATCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTATGGACTCCTTCCACTGGACTGAAGACACTCAATTTGGGAAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTATGGACTCCTTCCACTGGACTGAAGACACTCAATTTGGGAAGCTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATCGCCACAAACCTTCAGGAAATACGAAATGGATTTTCTGAGATACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATCGCCACAAACCTTCAGGAAATACGAAATGGATTTTCTGAGATACGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGTGTG         CAAGCCAAAGATGGAAACATTGACATCAGAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGTGTGGTA...TAGCAAGCCAAAGATGGAAACATTGACATCAGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTAAGGAGGACTGAGTCTTTGCAAGACACAAAG         CCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100479 CTTAAGGAGGACTGAGTCTTTGCAAGACACAAAGGTA...CAGCCTGCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCGATGCTGCCTCCTGCGCCATTTGCTAAGACTCTATCTGGACAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100639 ATCGATGCTGCCTCCTGCGCCATTTGCTAAGACTCTATCTGGACAGGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTAAAAACTACCAGACCCCTGACCATTATACTCTCCGGAAGATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100689 TTTAAAAACTACCAGACCCCTGACCATTATACTCTCCGGAAGATCAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTCGCCAATTCCTTTCTTACCATCAAGAAGGACCTCCGGCTCTGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100739 CCTCGCCAATTCCTTTCTTACCATCAAGAAGGACCTCCGGCTCTGTGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      CATGCCCACATGACATGCCATTGTGGGGAGGAAGCAATGAAGAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100789 ..CAGCATGCCCACATGACATGCCATTGTGGGGAGGAAGCAATGAAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACAGCCAGATTCTGAGTCACTTTGAAAAG         CTGGAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101577 TACAGCCAGATTCTGAGTCACTTTGAAAAGGTA...CAGCTGGAACCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCAGCAGTTGTGAAGGCTTTGGGGGAACTAGACATTCTTCTGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102646 GGCAGCAGTTGTGAAGGCTTTGGGGGAACTAGACATTCTTCTGCAATGGA

    550     .    :
    515 TGGAGGAGACAGAA
        ||||||||||||||
 102696 TGGAGGAGACAGAA