seq1 = pF1KE1653.tfa, 510 bp
seq2 = pF1KE1653/gi568815595f_48123512.tfa (gi568815595f:48123512_48325421), 201910 bp

>pF1KE1653 510
>gi568815595f:48123512_48325421 (Chr3)

1-201  (100001-100201)   100% ->
202-309  (100843-100950)   100% ->
310-381  (101092-101163)   100% ->
382-510  (101782-101910)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACCCAAAGGGATGGCCACTCCCTGGGGCGGTGGTCACTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGACCCAAAGGGATGGCCACTCCCTGGGGCGGTGGTCACTGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGCTGGGCCTGGTGATGCCTCTGGCCATCATTGCCCAGGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGCTGGGCCTGGTGATGCCTCTGGCCATCATTGCCCAGGTCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTACAAGGAAGCTGTGCTTCGTGCTATAGATGGCATCAACCAGCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTACAAGGAAGCTGTGCTTCGTGCTATAGATGGCATCAACCAGCGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGATGCTAACCTCTACCGCCTCCTGGACCTGGACCCCAGGCCCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGATGCTAACCTCTACCGCCTCCTGGACCTGGACCCCAGGCCCACGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         GATGGGGACCCAGACACGCCAAAGCCTGTGAGCTTCACAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTG...TAGGATGGGGACCCAGACACGCCAAAGCCTGTGAGCTTCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAGGAGACAGTGTGCCCCAGGACGACACAGCAGTCACCAGAGGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100883 TGAAGGAGACAGTGTGCCCCAGGACGACACAGCAGTCACCAGAGGATTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTTCAAGAAGGACGGG         CTGGTGAAGCGGTGTATGGGGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100933 GACTTCAAGAAGGACGGGGTG...CAGCTGGTGAAGCGGTGTATGGGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGACCCTCAACCAGGCCAGGGGCTCCTTTGACATCAGTTGTGATAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101115 AGTGACCCTCAACCAGGCCAGGGGCTCCTTTGACATCAGTTGTGATAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         GATAACAAGAGATTTGCCCTGCTGGGTGATTTCTTCCGGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 TG...CAGGATAACAAGAGATTTGCCCTGCTGGGTGATTTCTTCCGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTAAAGAGAAGATTGGCAAAGAGTTTAAAAGAATTGTCCAGAGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 TCTAAAGAGAAGATTGGCAAAGAGTTTAAAAGAATTGTCCAGAGAATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .
    474 GGATTTTTTGCGGAATCTTGTACCCAGGACAGAGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101874 GGATTTTTTGCGGAATCTTGTACCCAGGACAGAGTCC