seq1 = pF1KE1652.tfa, 507 bp
seq2 = pF1KE1652/gi568815596f_112878639.tfa (gi568815596f:112878639_113085046), 206408 bp

>pF1KE1652 507
>gi568815596f:112878639_113085046 (Chr2)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-160  (100583-100687)   100% ->
161-300  (101371-101510)   100% ->
301-507  (106202-106408)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGGCACTCCAGGAGACGCTGATGGTGGAGGAAGGGCCGTCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGGCACTCCAGGAGACGCTGATGGTGGAGGAAGGGCCGTCTATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAA         TGTGTAAACCTATTACTGGGACTATTAATGATTTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAAGTG...CAGTGTGTAAACCTATTACTGGGACTATTAATGATTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCAGCAAGTGTGGACCCTTCAGGGTCAGAACCTTGTGGCAGTTCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100619 ATCAGCAAGTGTGGACCCTTCAGGGTCAGAACCTTGTGGCAGTTCCACGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGACAGTGTGACCCCAG         TCACTGTTGCTGTTATCACATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100669 AGTGACAGTGTGACCCCAGGTG...CAGTCACTGTTGCTGTTATCACATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGTATCCAGAGGCTCTTGAGCAAGGCAGAGGGGATCCCATTTATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 CAAGTATCCAGAGGCTCTTGAGCAAGGCAGAGGGGATCCCATTTATTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAATCCAGAATCCAGAAATGTGTTTGTATTGTGAGAAGGTTGGAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 GAATCCAGAATCCAGAAATGTGTTTGTATTGTGAGAAGGTTGGAGAACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCACATTGCAGCTAAAA         GAGCAGAAGATCATGGATCTGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101493 CCCACATTGCAGCTAAAAGTG...CAGGAGCAGAAGATCATGGATCTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGCCAACCCGAGCCCGTGAAACCCTTCCTTTTCTACCGTGCCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106225 TGGCCAACCCGAGCCCGTGAAACCCTTCCTTTTCTACCGTGCCAAGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTAGGACCTCCACCCTTGAGTCTGTGGCCTTCCCGGACTGGTTCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106275 GTAGGACCTCCACCCTTGAGTCTGTGGCCTTCCCGGACTGGTTCATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCTCCAAGAGAGACCAGCCCATCATTCTGACTTCAGAACTTGGGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106325 TCCTCCAAGAGAGACCAGCCCATCATTCTGACTTCAGAACTTGGGAAGTC

    500     .    :    .    :    .    :
    474 ATACAACACTGCCTTTGAATTAAATATAAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106375 ATACAACACTGCCTTTGAATTAAATATAAATGAC