seq1 = pF1KE1643.tfa, 474 bp
seq2 = pF1KE1643/gi568815596f_112905972.tfa (gi568815596f:112905972_113108041), 202070 bp

>pF1KE1643 474
>gi568815596f:112905972_113108041 (Chr2)

6-124  (99998-100116)   98% ->
125-264  (100627-100766)   100% ->
265-474  (101861-102070)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 AAAAGCATTGAAAATTGACACACCTCAGCGGGGGAGCATTCAGGATATCA
        || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  99998 AACAGCATTGAAAATTGACACACCTCAGCAGGGGAGCATTCAGGATATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 ATCATCGGGTGTGGGTTCTTCAGGACCAGACGCTCATAGCAGTCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ATCATCGGGTGTGGGTTCTTCAGGACCAGACGCTCATAGCAGTCCCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 AAGGACCGTATGTCTCCAG         TCACTATTGCCTTAATCTCATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100098 AAGGACCGTATGTCTCCAGGTG...CAGTCACTATTGCCTTAATCTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 CCGACATGTGGAGACCCTTGAGAAAGACAGAGGGAACCCCATCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 CCGACATGTGGAGACCCTTGAGAAAGACAGAGGGAACCCCATCTACCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 GCCTGAATGGACTCAATCTCTGCCTGATGTGTGCTAAAGTCGGGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 GCCTGAATGGACTCAATCTCTGCCTGATGTGTGCTAAAGTCGGGGACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 CCCACACTGCAGCTGAAG         GAAAAGGATATAATGGATTTGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100749 CCCACACTGCAGCTGAAGGTG...CAGGAAAAGGATATAATGGATTTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 CAACCAACCCGAGCCTGTGAAGTCCTTTCTCTTCTACCACAGCCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 CAACCAACCCGAGCCTGTGAAGTCCTTTCTCTTCTACCACAGCCAGAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 GCAGGAACTCCACCTTCGAGTCTGTGGCTTTCCCTGGCTGGTTCATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 GCAGGAACTCCACCTTCGAGTCTGTGGCTTTCCCTGGCTGGTTCATCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 GTCAGCTCTGAAGGAGGCTGTCCTCTCATCCTTACCCAAGAACTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101984 GTCAGCTCTGAAGGAGGCTGTCCTCTCATCCTTACCCAAGAACTGGGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .
    438 AGCCAACACTACTGACTTTGGGTTAACTATGCTGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102034 AGCCAACACTACTGACTTTGGGTTAACTATGCTGTTT