seq1 = pF1KE1642.tfa, 468 bp
seq2 = pF1KE1642/gi568815592r_30643939.tfa (gi568815592r:30643939_30844518), 200580 bp

>pF1KE1642 468
>gi568815592r:30643939_30844518 (Chr6)

(complement)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-468  (100323-100580)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTCACTCTCGCAGCTGCCACCCGACCATGACCATCCTGCAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTCACTCTCGCAGCTGCCACCCGACCATGACCATCCTGCAGGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCCGGCCCCCTCCACCATCCCGGGACCCCGGCGGGGCTCCGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCCGGCCCCCTCCACCATCCCGGGACCCCGGCGGGGCTCCGGTCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATCTTCACCTTCGACCCTCTCCCGGAGCCCGCAGCGGCCCCTGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATCTTCACCTTCGACCCTCTCCCGGAGCCCGCAGCGGCCCCTGCCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCCCCAGCGCCTCTCGCGGGCACCGAAAGCGCAGCCGCAGGGTTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCCCAGCGCCTCTCGCGGGCACCGAAAGCGCAGCCGCAGGGTTCTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCTCGAGTG         GTCCGGCGCCAGCTGCCAGTCGAGGAACCGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCTCGAGTGGTG...TAGGTCCGGCGCCAGCTGCCAGTCGAGGAACCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCAGCCAAAAGGCTTCTCTTTCTGCTGCTCACCATCGTCTTCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100354 ACCCAGCCAAAAGGCTTCTCTTTCTGCTGCTCACCATCGTCTTCTGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCCTGATGGCTGAAGAGGGTGTGCCGGCGCCCCTGCCTCCAGAGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100404 ATCCTGATGGCTGAAGAGGGTGTGCCGGCGCCCCTGCCTCCAGAGGACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCTAACGCCGCATCCCTGGCGCCCACCCCTGTGTCCCCCGTCCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100454 CCCTAACGCCGCATCCCTGGCGCCCACCCCTGTGTCCGCCGTCCTCGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTTTAATCTGACTTCGGAGCCCTCGGACTACGCTCTGGACCTCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100504 CCTTTAATCTGACTTCGGAGCCCTCGGACTACGCTCTGGACCTCAGCACT

    450     .    :    .    :    .
    442 TTCCTCCAGCAACACCCGGCCGCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 100554 TTCCTCCAGCAACACCCGGCCGCCTTC