seq1 = pF1KE1641.tfa, 465 bp
seq2 = pF1KE1641/gi568815597f_10350074.tfa (gi568815597f:10350074_10551592), 201519 bp

>pF1KE1641 465
>gi568815597f:10350074_10551592 (Chr1)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-465  (101304-101519)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATAGACACAAAAACAGCTGGAGATTGGGCTTAAAATACCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATAGACACAAAAACAGCTGGAGATTGGGCTTAAAATACCCACCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAAAGAAGAGACCCAAGTCCCCAAAACATTGATTTCAGGGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAAAGAAGAGACCCAAGTCCCCAAAACATTGATTTCAGGGCTGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAGGAAGAGCAGCAGCAGGGTGGGAGAGAAGCTCCAGTCAGCCCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAGGAAGAGCAGCAGCAGGGTGGGAGAGAAGCTCCAGTCAGCCCACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCGCTGCCCTGCCCCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 CACCGCTGCCCTGCCCCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         CATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGCCTCCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TG...AAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGCCTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101346 ACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCATAGGAGAGGAAGCCCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101396 CCTCATAGGAGAGGAAGCCCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCCCTGCAGGAACTTCTTC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101446 CCCCCCAGCAATCTGCGCGCCGGGACAGAATGCCCTGCAGGAACTTCTTC

    450     .    :    .    :
    442 TGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||
 101496 TGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAA