seq1 = pF1KE1640.tfa, 465 bp
seq2 = pF1KE1640/gi568815592f_52087602.tfa (gi568815592f:52087602_52289289), 201688 bp

>pF1KE1640 465
>gi568815592f:52087602_52289289 (Chr6)

1-27  (98831-98857)   100% ->
28-230  (100002-100204)   100% ->
231-465  (101454-101688)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCCTGGGAAGACCTCATTGGTG         TCACTGCTACTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  98831 ATGACTCCTGGGAAGACCTCATTGGTGGTG...TAGTCACTGCTACTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTGAGCCTGGAGGCCATAGTGAAGGCAGGAATCACAATCCCACGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 GCTGAGCCTGGAGGCCATAGTGAAGGCAGGAATCACAATCCCACGAAATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGATGCCCAAATTCTGAGGACAAGAACTTCCCCCGGACTGTGATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 CAGGATGCCCAAATTCTGAGGACAAGAACTTCCCCCGGACTGTGATGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCTGAACATCCATAACCGGAATACCAATACCAATCCCAAAAGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 AACCTGAACATCCATAACCGGAATACCAATACCAATCCCAAAAGGTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATTACTACAACCGATCCACCTCACCTTGGAATCTCCA         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100166 AGATTACTACAACCGATCCACCTCACCTTGGAATCTCCAGTA...CAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAATGAGGACCCTGAGAGATATCCCTCTGTGATCTGGGAGGCAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101456 GCAATGAGGACCCTGAGAGATATCCCTCTGTGATCTGGGAGGCAAAGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCCACTTGGGCTGCATCAACGCTGATGGGAACGTGGACTACCACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101506 CGCCACTTGGGCTGCATCAACGCTGATGGGAACGTGGACTACCACATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTGTCCCCATCCAGCAAGAGATCCTGGTCCTGCGCAGGGAGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101556 CTCTGTCCCCATCCAGCAAGAGATCCTGGTCCTGCGCAGGGAGCCTCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTGCCCCAACTCCTTCCGGCTGGAGAAGATACTGGTGTCCGTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101606 ACTGCCCCAACTCCTTCCGGCTGGAGAAGATACTGGTGTCCGTGGGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :
    433 ACCTGTGTCACCCCGATTGTCCACCATGTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101656 ACCTGTGTCACCCCGATTGTCCACCATGTGGCC