seq1 = pF1KE1638.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KE1638/gi568815597f_165549848.tfa (gi568815597f:165549848_165755501), 205654 bp

>pF1KE1638 456
>gi568815597f:165549848_165755501 (Chr1)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-191  (101167-101240)   100% ->
192-249  (102131-102188)   100% ->
250-322  (104432-104504)   100% ->
323-456  (105521-105654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTCCTCTCTAAGGAATATGGTTTTGTGCTTCTAACTGGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTCCTCTCTAAGGAATATGGTTTTGTGCTTCTAACTGGTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTTTATAATGGTGGCCCACCTAGCCATCAATGTTTCCAAGGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTTTATAATGGTGGCCCACCTAGCCATCAATGTTTCCAAGGCCCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGTACAAAGTGGAG         TATCCTATCATGTACAGCACGGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGTACAAAGTGGAGGTA...CAGTATCCTATCATGTACAGCACGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAAAATGGGCACATCTTCAACTGCATTCAGCGAGCCCACCAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101191 CCTGAAAATGGGCACATCTTCAACTGCATTCAGCGAGCCCACCAGAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GTTGGAAGTGTATCCTCCCTTCTTATTTTTTCTAGCTGTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101241 GTG...CAGGTTGGAAGTGTATCCTCCCTTCTTATTTTTTCTAGCTGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGGTGTTTACCACCCG         CGTATAGCTTCTGGCCTGGGCTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102172 GAGGTGTTTACCACCCGGTA...TAGCGTATAGCTTCTGGCCTGGGCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCTGGATTGTTGGACGAGTTCTTTATGCTTATGGCTATTACACGGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104456 GCCTGGATTGTTGGACGAGTTCTTTATGCTTATGGCTATTACACGGGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323         AACCCAGCAAGCGTAGTCGAGGAGCCCTGGGGTCCATCGCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104506 TT...CAGAACCCAGCAAGCGTAGTCGAGGAGCCCTGGGGTCCATCGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCCTGGGCTTGGTGGGCACAACTGTGTGCTCTGCTTTCCAGCATCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105563 TCCTGGGCTTGGTGGGCACAACTGTGTGCTCTGCTTTCCAGCATCTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGGTTAAAAGTGGCTTGGGCAGTGGACCCAAATGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105613 TGGGTTAAAAGTGGCTTGGGCAGTGGACCCAAATGCTGCCAT