seq1 = pF1KE1637.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KE1637/gi568815589r_129639614.tfa (gi568815589r:129639614_129853012), 213399 bp

>pF1KE1637 456
>gi568815589r:129639614_129853012 (Chr9)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-209  (104276-104358)   100% ->
210-456  (113153-113399)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGCCCACAGCCTGGTGATGAGCAGCCCGGCCCTCCCGGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGCCCACAGCCTGGTGATGAGCAGCCCGGCCCTCCCGGCCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTGCAGCACGCTGCTGGTCATCAAGATGTACGTGGTGGCCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTGCAGCACGCTGCTGGTCATCAAGATGTACGTGGTGGCCATCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCCAAGTGAGGCTGCGGAAGAAG         GCCTTTGCCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CGGGCCAAGTGAGGCTGCGGAAGAAGGTA...CAGGCCTTTGCCAACCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGATGCCCTGAGACACGGAGGCCCCCAGTATTGCAGGAGCGACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104291 GAGGATGCCCTGAGACACGGAGGCCCCCAGTATTGCAGGAGCGACCCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGGAACGCTGCCTCAG         GGCCCACCGGAACGACATGGAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104341 CGTGGAACGCTGCCTCAGGCA...CAGGGCCCACCGGAACGACATGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCTACCCCTTCCTTTTCCTGGGCTTCGTCTACTCCTTTCTGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113176 CCATCTACCCCTTCCTTTTCCTGGGCTTCGTCTACTCCTTTCTGGGTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCCTTTTGTCGCCTGGATGCACTTCCTGGTCTTCCTCGTGGGCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113226 AACCCTTTTGTCGCCTGGATGCACTTCCTGGTCTTCCTCGTGGGCCGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCACACACCGTGGCCTACCTGGGGAAGCTGCGGGCACCCATCCGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113276 GGCACACACCGTGGCCTACCTGGGGAAGCTGCGGGCACCCATCCGCTCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACCTACACCCTGGCCCAGCTCCCCTGCGCCTCCATGGCTCTGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113326 TGACCTACACCCTGGCCCAGCTCCCCTGCGCCTCCATGGCTCTGCAGATC

    450     .    :    .    :
    433 CTCTGGGAAGCGGCCCGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||
 113376 CTCTGGGAAGCGGCCCGCCACCTG