seq1 = pF1KE1628.tfa, 432 bp
seq2 = pF1KE1628/gi568815593f_131973824.tfa (gi568815593f:131973824_132175849), 202026 bp

>pF1KE1628 432
>gi568815593f:131973824_132175849 (Chr5)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-201  (100258-100299)   100% ->
202-327  (100987-101112)   100% ->
328-432  (101922-102026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTGCAGAGCCTGCTGCTCTTGGGCACTGTGGCCTGCAGCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTGCAGAGCCTGCTGCTCTTGGGCACTGTGGCCTGCAGCATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCACCCGCCCGCTCGCCCAGCCCCAGCACGCAGCCCTGGGAGCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCACCCGCCCGCTCGCCCAGCCCCAGCACGCAGCCCTGGGAGCATGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCCATCCAGGAGGCCCGGCGTCTCCTGAACCTGAGTAGAGACACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCCATCCAGGAGGCCCGGCGTCTCCTGAACCTGAGTAGAGACACTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGAGATG         AATGAAACAGTAGAAGTCATCTCAGAAATGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGAGATGGTA...CAGAATGAAACAGTAGAAGTCATCTCAGAAATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCTCCAG         GAGCCGACCTGCCTACAGACCCGCCTGGAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100290 TGACCTCCAGGTA...CAGGAGCCGACCTGCCTACAGACCCGCCTGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTACAAGCAGGGCCTGCGGGGCAGCCTCACCAAGCTCAAGGGCCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101018 TGTACAAGCAGGGCCTGCGGGGCAGCCTCACCAAGCTCAAGGGCCCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCATGATGGCCAGCCACTACAAGCAGCACTGCCCTCCAACCCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101068 ACCATGATGGCCAGCCACTACAAGCAGCACTGCCCTCCAACCCCGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     GAAACTTCCTGTGCAACCCAGATTATCACCTTTGAAAGTTTCAAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101118 .AAGGAAACTTCCTGTGCAACCCAGATTATCACCTTTGAAAGTTTCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAACCTGAAGGACTTTCTGCTTGTCATCCCCTTTGACTGCTGGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 AGAACCTGAAGGACTTTCTGCTTGTCATCCCCTTTGACTGCTGGGAGCCA

    450     .
    424 GTCCAGGAG
        |||||||||
 102018 GTCCAGGAG