seq1 = pF1KE1622.tfa, 408 bp
seq2 = pF1KE1622/gi568815597f_153558744.tfa (gi568815597f:153558744_153761298), 202555 bp

>pF1KE1622 408
>gi568815597f:153558744_153761298 (Chr1)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-190  (100395-100441)   100% ->
191-309  (100705-100823)   100% ->
310-408  (102457-102555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGGCTGGTTCCGCCGCTGTATCGGGGGCAGGGACCCCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGGCTGGTTCCGCCGCTGTATCGGGGGCAGGGACCCCGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCCCACAGGCCGCGACCTTTTCGCCGAAGGGCTGCTGGAGTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGCCCACAGGCCGCGACCTTTTCGCCGAAGGGCTGCTGGAGTTCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCCGCTGTGCAGCAGCTCGACTCTCACGTACACGCCGTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 GACCCGCTGTGCAGCAGCTCGACTCTCACGTACACGCCGTCAGGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   AGAGAGCCAGGTAGAGCTCCGGGAACAAATTGACAACCTAGCCACAG 
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100393 AGAGAGAGCCAGGTAGAGCTCCGGGAACAAATTGACAACCTAGCCACAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         AACTGTGCCGCATAAATGAGGATCAGAAGGTGGCCCTGGATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100443 TG...CAGAACTGTGCCGCATAAATGAGGATCAGAAGGTGGCCCTGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGACCCCTATGTTAAGAAGCTACTTAATGCCCGGCGACGCGTTGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 TTGACCCCTATGTTAAGAAGCTACTTAATGCCCGGCGACGCGTTGTCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTAACAACATTCTACAGAATGCTCAG         GAACGACTGAGACG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100797 GTTAACAACATTCTACAGAATGCTCAGGTA...TAGGAACGACTGAGACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTAAACCACAGTGTTGCCAAGGAAACAGCCCGCAGGAGAGCAATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102471 GCTAAACCACAGTGTTGCCAAGGAAACAGCCCGCAGGAGAGCAATGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .
    374 ATTCGGGAATTTACCCCCCTGGCTCCCCAGGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102521 ATTCGGGAATTTACCCCCCTGGCTCCCCAGGCAAA