seq1 = pF1KE1617.tfa, 381 bp
seq2 = pF1KE1617/gi568815592f_25626909.tfa (gi568815592f:25626909_25827289), 200381 bp

>pF1KE1617 381
>gi568815592f:25626909_25827289 (Chr6)

1-381  (100001-100381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGAGGTGTCATCTAAAGGTGCTACCATTTCCAAGAAGGGCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGAGGTGTCATCTAAAGGTGCTACCATTTCCAAGAAGGGCTTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGCTGTCGTTAAGACCCAGAAAAAGGAAGGCAAAAAGCGCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGCTGTCGTTAAGACCCAGAAAAAGGAAGGCAAAAAGCGCAAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCGTAAGGAGAGTTATTCTATTTACATCTACAAAGTGCTAAAGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCGTAAGGAGAGTTATTCTATTTACATCTACAAAGTGCTAAAGCAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATCCGGACACTGGCATCTCTTCGAAAGCTATGAGCATTATGAATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATCCGGACACTGGCATCTCTTCGAAAGCTATGAGCATTATGAATTCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTCACTGATATCTTTGAGCGTATAGCGAGCGAGGCATCACGTTTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTCACTGATATCTTTGAGCGTATAGCGAGCGAGGCATCACGTTTGGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTACAGCAAGCGCTCCACCATTTCTTCCAGAGAGATTCAGACAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTACAGCAAGCGCTCCACCATTTCTTCCAGAGAGATTCAGACAGCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCTTGCTACTGCCGGGAGAGCTGGCTAAACATGCTGTGTCTGAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCTTGCTACTGCCGGGAGAGCTGGCTAAACATGCTGTGTCTGAGGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :
    351 CAAGGCTGTCACTAAGTACACCAGCTCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGGCTGTCACTAAGTACACCAGCTCCAAG