seq1 = pF1KE1616.tfa, 381 bp
seq2 = pF1KE1616/gi568815593r_43281863.tfa (gi568815593r:43281863_43512316), 230454 bp

>pF1KE1616 381
>gi568815593r:43281863_43512316 (Chr5)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-191  (123841-123967)   100% ->
192-381  (130265-130454)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCAGAGAGGACTCGCCATCGTGGCCTTGGCTGTCTGTGCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCAGAGAGGACTCGCCATCGTGGCCTTGGCTGTCTGTGCGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATGCCTCAGAAG         CCATACTTCCCATTGCCTCCAGCTGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATGCCTCAGAAGGTG...TAGCCATACTTCCCATTGCCTCCAGCTGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCACGGAGGTTTCACATCATATTTCCAGAAGGCTCCTGGAAAGAGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123868 GCACGGAGGTTTCACATCATATTTCCAGAAGGCTCCTGGAAAGAGTGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTGTCGCATCCAGAGAGCTGATGGGGATTGTGACTTGGCTGCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123918 ATGTGTCGCATCCAGAGAGCTGATGGGGATTGTGACTTGGCTGCTGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          CCTTCATGTCAAGCGCAGAAGAATCTGTGTCAGCCCGCACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123968 GTG...CAGCCTTCATGTCAAGCGCAGAAGAATCTGTGTCAGCCCGCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCATACTGTTAAGCAGTGGATGAAAGTGCAAGCTGCCAAGAAAAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130306 ACCATACTGTTAAGCAGTGGATGAAAGTGCAAGCTGCCAAGAAAAATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGGAAATGTTTGCCACAGGAAGAAACACCATGGCAAGAGGAACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130356 AAAGGAAATGTTTGCCACAGGAAGAAACACCATGGCAAGAGGAACAGTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    333 CAGGGCACATCAGGGGAAACACGAAACATACGGCCATAAAACTCCTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130406 CAGGGCACATCAGGGGAAACACGAAACATACGGCCATAAAACTCCTTAT