seq1 = pF1KE1614.tfa, 378 bp
seq2 = pF1KE1614/gi568815593r_131059450.tfa (gi568815593r:131059450_131265205), 205756 bp

>pF1KE1614 378
>gi568815593r:131059450_131265205 (Chr5)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-216  (102530-102634)   100% ->
217-378  (105595-105756)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGATGAGATTGCCAAGGCTCAGGTCGCTCGGCCTGGTGGCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGATGAGATTGCCAAGGCTCAGGTCGCTCGGCCTGGTGGCGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCTTTGGGAAGATCATCCGCAAGGAAATACCAGCCAAAATCATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCTTTGGGAAGATCATCCGCAAGGAAATACCAGCCAAAATCATTTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATGACCGG         TGCCTTGCTTTCCATGACATTTCCCCTCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGATGACCGGGTA...TAGTGCCTTGCTTTCCATGACATTTCCCCTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACCAACACATTTTCTGGTGATACCCAAGAAACATATATCCCAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102560 GCACCAACACATTTTCTGGTGATACCCAAGAAACATATATCCCAGATTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGCAGAAGATGATGATGAAAGT         CTTCTTGGACACTTAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102610 TGTGGCAGAAGATGATGATGAAAGTGTA...CAGCTTCTTGGACACTTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGATTGTTGGCAAGAAATGTGCTGCTGATCTGGGCCTGAATAAGGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105611 TGATTGTTGGCAAGAAATGTGCTGCTGATCTGGGCCTGAATAAGGGTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGAATGGTGGTGAATGAAGGTTCAGATGGTGGACAGTCTGTCTATCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105661 CGAATGGTGGTGAATGAAGGTTCAGATGGTGGACAGTCTGTCTATCACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    333 TCATCTCCATGTTCTTGGAGGTCGGCAAATGCATTGGCCTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105711 TCATCTCCATGTTCTTGGAGGTCGGCAAATGCATTGGCCTCCTGGT