seq1 = pF1KE1606.tfa, 336 bp
seq2 = pF1KE1606/gi568815589r_34561947.tfa (gi568815589r:34561947_34762633), 200687 bp

>pF1KE1606 336
>gi568815589r:34561947_34762633 (Chr9)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-203  (100218-100350)   100% ->
204-336  (100555-100687)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGGGCCCCCAACCTTCTGCAGCCTCCTGCTGCTGTCATTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGGGCCCCCAACCTTCTGCAGCCTCCTGCTGCTGTCATTGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCCAGACCCTACAGCAG         CATTCCTACTGCCACCCAGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCCAGACCCTACAGCAGGTG...TAGCATTCCTACTGCCACCCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCCTGCTGTACTCAGCTCTACCGAAAGCCACTCTCAGACAAGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100239 CTGCCTGCTGTACTCAGCTCTACCGAAAGCCACTCTCAGACAAGCTACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAGGTCATCCAGGTGGAACTGCAGGAGGCTGACGGGGACTGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100289 AGGAAGGTCATCCAGGTGGAACTGCAGGAGGCTGACGGGGACTGTCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGGCTTTCGT         GCTTCACCTGGCTCAACGCAGCATCTGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100339 CCAGGCTTTCGTGTG...CAGGCTTCACCTGGCTCAACGCAGCATCTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCACCCCCAGAACCCCAGCCTGTCACAGTGGTTTGAGCACCAAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100584 TCCACCCCCAGAACCCCAGCCTGTCACAGTGGTTTGAGCACCAAGAGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTCCATGGGACTCTGCCCAAGCTGAATTTTGGGATGCTAAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100634 AAGCTCCATGGGACTCTGCCCAAGCTGAATTTTGGGATGCTAAGGAAAAT

    350 
    333 GGGC
        ||||
 100684 GGGC