seq1 = pF1KE1605.tfa, 327 bp
seq2 = pF1KE1605/gi568815594f_77505866.tfa (gi568815594f:77505866_77711036), 205171 bp

>pF1KE1605 327
>gi568815594f:77505866_77711036 (Chr4)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-197  (101838-101970)   100% ->
198-278  (104749-104829)   100% ->
279-327  (105123-105171)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTCATCTCGACATCTCTGCTTCTCATGCTGCTGGTCAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTCATCTCGACATCTCTGCTTCTCATGCTGCTGGTCAGCAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTCCAGTCCAAG         GTGTTCTGGAGGTCTATTACACAAGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTCCAGTCCAAGGTG...CAGGTGTTCTGGAGGTCTATTACACAAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGGTGTAGATGTGTCCAAGAGAGCTCAGTCTTTATCCCTAGACGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101865 TGAGGTGTAGATGTGTCCAAGAGAGCTCAGTCTTTATCCCTAGACGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGATCGAATTCAAATCTTGCCCCGTGGGAATGGTTGTCCAAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 ATTGATCGAATTCAAATCTTGCCCCGTGGGAATGGTTGTCCAAGAAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCAT         AGTCTGGAAGAAGAACAAGTCAATTGTGTGTGTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101965 AATCATGTA...CAGAGTCTGGAAGAAGAACAAGTCAATTGTGTGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCCTCAAGCTGAATGGATACAAAGAATGATGGAAGTATTGAGAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104784 ACCCTCAAGCTGAATGGATACAAAGAATGATGGAAGTATTGAGAAAGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      AAGAAGTTCTTCAACTCTACCAGTTCCAGTGTTTAAGAGAAAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 ..CAGAAGAAGTTCTTCAACTCTACCAGTTCCAGTGTTTAAGAGAAAGAT

    350 
    324 TCCC
        ||||
 105168 TCCC