seq1 = pF1KE1604.tfa, 321 bp
seq2 = pF1KE1604/gi568815594r_73998601.tfa (gi568815594r:73998601_74199120), 200520 bp

>pF1KE1604 321
>gi568815594r:73998601_74199120 (Chr4)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-224  (100199-100322)   100% ->
225-314  (100437-100524)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGCGCCACGCTCTCCGCCGCCCCCAGCAATCCCCGGCTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGCGCCACGCTCTCCGCCGCCCCCAGCAATCCCCGGCTCCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGCGCTGCTGCTCCTGCTCCTGGTGGCCGCCAGCCGGCGCGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGCGCTGCTGCTCCTGCTCCTGGTGGCCGCCAGCCGGCGCGCAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GAGCGCCCCTGGCCACTGAACTGCGCTGCCAGTGCTTGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...TAGGAGCGCCCCTGGCCACTGAACTGCGCTGCCAGTGCTTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCTGCAGGGAATTCACCTCAAGAACATCCAAAGTGTGAAGGTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100240 ACCCTGCAGGGAATTCACCTCAAGAACATCCAAAGTGTGAAGGTGAAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCGGACCCCACTGCGCCCAAACCGAAGTCAT         AGCCACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100290 CCCCGGACCCCACTGCGCCCAAACCGAAGTCATGTA...CAGAGCCACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAGAATGGGCAGAAAGCTTGTCTCAACCCCGCATCGCCCATGGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 TCAAGAATGGGCAGAAAGCTTGTCTCAACCCCGCATCGCCCATGGTTAAG

    300     .    :    .    :    .    :
    283 AAAATCATCGAAAAGATGCTGAAAAATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||-| -||
 100495 AAAATCATCGAAAAGATGCTGAAAAA GT AA