seq1 = pF1KE1603.tfa, 312 bp
seq2 = pF1KE1603/gi568815593r_180490599.tfa (gi568815593r:180490599_180691462), 200864 bp

>pF1KE1603 312
>gi568815593r:180490599_180691462 (Chr5)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-291  (100625-100863)   100% ->
292-312  (101209-101229)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCGCCGCCCTCCTGGGGCTCTGCGTGGCCCTGTCCTGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTCGCCGCCCTCCTGGGGCTCTGCGTGGCCCTGTCCTGCAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         CTGCTGCTTTCTTAGTGGGCTCGGCCAAGCCTGTGGCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTG...CAGCTGCTGCTTTCTTAGTGGGCTCGGCCAAGCCTGTGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCTGTCGCTGCGCTGGAGTCGGCGGCGGAGGCCGGGGCCGGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100664 AGCCTGTCGCTGCGCTGGAGTCGGCGGCGGAGGCCGGGGCCGGGACCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAACCCCCTCGGCACCCTCAACCCGCTGAAGCTCCTGCTGAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100714 GCCAACCCCCTCGGCACCCTCAACCCGCTGAAGCTCCTGCTGAGCAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCATCCCCGTGAACCACCTCATAGAGGGCTCCCAGAAGTGTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100764 GGGCATCCCCGTGAACCACCTCATAGAGGGCTCCCAGAAGTGTGTGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGGGTCCCCAGGCCGTGGGGGCCGTGAAGGCCCTGAAGGCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 AGCTGGGTCCCCAGGCCGTGGGGGCCGTGAAGGCCCTGAAGGCCCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :
    292          GGGGCCCTGACAGTGTTTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100864 GTA...CAGGGGGCCCTGACAGTGTTTGGC