seq1 = pF1KE1596.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE1596/gi568815581f_7479678.tfa (gi568815581f:7479678_7681508), 201831 bp

>pF1KE1596 1062
>gi568815581f:7479678_7681508 (Chr17)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-567  (100133-100650)   100% ->
568-687  (100789-100908)   100% ->
688-760  (101034-101106)   100% ->
761-931  (101219-101389)   100% ->
932-1062  (101701-101831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTGGCTGTGCTTTTCTCGGGGGCCCTGCTGGGGCTACTGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGAGGCTGGCTGTGCTTTTCTCGGGGGCCCTGCTGGGGCTACTGGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CCCAGGGGACAGGGAATGACTGTCCTCACAAAAAATCAGCTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...AAGCCCAGGGGACAGGGAATGACTGTCCTCACAAAAAATCAGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTGCTGCCATCCTTCACGGTGACACCCACGGTTACAGAGAGCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 CTTTGCTGCCATCCTTCACGGTGACACCCACGGTTACAGAGAGCACTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAACCAGCCACAGGACTACCAAGAGCCACAAAACCACCACTCACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100225 ACAACCAGCCACAGGACTACCAAGAGCCACAAAACCACCACTCACAGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACCACCACAGGCACCACCAGCCACGGACCCACGACTGCCACTCACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 AACCACCACAGGCACCACCAGCCACGGACCCACGACTGCCACTCACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACCACCACCAGCCATGGAAACGTCACAGTTCATCCAACAAGCAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100325 CCACCACCACCAGCCATGGAAACGTCACAGTTCATCCAACAAGCAATAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGCCACCAGCCAGGGACCCTCAACTGCCACTCACAGTCCTGCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100375 ACTGCCACCAGCCAGGGACCCTCAACTGCCACTCACAGTCCTGCCACCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAGTCATGGAAATGCCACGGTTCATCCAACAAGCAACAGCACTGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100425 TAGTCATGGAAATGCCACGGTTCATCCAACAAGCAACAGCACTGCCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCCAGGATTCACCAGTTCTGCCCACCCAGAACCACCTCCACCCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100475 GCCCAGGATTCACCAGTTCTGCCCACCCAGAACCACCTCCACCCTCTCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTCCTAGCCCAACCTCCAAGGAGACCATTGGAGACTACACGTGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100525 AGTCCTAGCCCAACCTCCAAGGAGACCATTGGAGACTACACGTGGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGTTCCCAGCCCTGTGTCCACCTCCAAGCCCAGATTCAGATTCGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100575 TGGTTCCCAGCCCTGTGTCCACCTCCAAGCCCAGATTCAGATTCGAGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGTACACAACCCAGGGTGGAGGAGAG         GCCTGGGGCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100625 TGTACACAACCCAGGGTGGAGGAGAGGTA...CAGGCCTGGGGCATCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTACTGAACCCCAACAAAACCAAGGTCCAGGGAAGCTGTGAGGGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100804 GTACTGAACCCCAACAAAACCAAGGTCCAGGGAAGCTGTGAGGGTGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCCCCACCTGCTTCTCTCATTCCCCTATGGACACCTCAGCTTTGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100854 TCCCCACCTGCTTCTCTCATTCCCCTATGGACACCTCAGCTTTGGATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGCAG         GACCTCCAGCAGAAGGTTGTCTACCTGAGCTACATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100904 TGCAGGTA...CAGGACCTCCAGCAGAAGGTTGTCTACCTGAGCTACATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCGGTGGAGTACAATGTGTCCTTCCCCCACGCAGCAC         AGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101070 GCGGTGGAGTACAATGTGTCCTTCCCCCACGCAGCACGTA...CAGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACATTCTCGGCTCAGAATGCATCCCTTCGAGATCTCCAAGCACCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101223 GACATTCTCGGCTCAGAATGCATCCCTTCGAGATCTCCAAGCACCCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGCAGAGCTTCAGTTGCAGCAACTCGAGCATCATTCTTTCACCAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101273 GGCAGAGCTTCAGTTGCAGCAACTCGAGCATCATTCTTTCACCAGCTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACCTCGACCTGCTCTCCCTGAGGCTCCAGGCTGCTCAGCTGCCCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101323 CACCTCGACCTGCTCTCCCTGAGGCTCCAGGCTGCTCAGCTGCCCCACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGGGGTCTTTGGGCAAA         GTTTCTCCTGCCCCAGTGACCGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101373 AGGGGTCTTTGGGCAAAGTA...CAGGTTTCTCCTGCCCCAGTGACCGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCATCTTGCTGCCTCTCATCATCGGCCTGATCCTTCTTGGCCTCCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101725 CCATCTTGCTGCCTCTCATCATCGGCCTGATCCTTCTTGGCCTCCTCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGGTGCTTATTGCTTTCTGCATCATCCGGAGACGCCCATCCGCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 CTGGTGCTTATTGCTTTCTGCATCATCCGGAGACGCCCATCCGCCTACCA

   1100     .
   1056 GGCCCTC
        |||||||
 101825 GGCCCTC