seq1 = pF1KE1595.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KE1595/gi568815592f_170457030.tfa (gi568815592f:170457030_170672262), 215233 bp

>pF1KE1595 1011
>gi568815592f:170457030_170672262 (Chr6)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-491  (104762-105204)   98% ->
492-579  (107516-107603)   100% ->
580-671  (109889-109980)   100% ->
672-839  (112583-112750)   99% ->
840-934  (114381-114475)   100% ->
935-1011  (115157-115233)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCAGAACAACAGCCTGCCACCTTACGCTCAGGGCTTGGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCAGAACAACAGCCTGCCACCTTACGCTCAGGGCTTGGCCTCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAG         GGTGCCATGACTCCCGGAATCCCTATCTTTAGTCCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGTA...CAGGGTGCCATGACTCCCGGAATCCCTATCTTTAGTCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATGCCTTATGGCACTGGACTGACCCCACAGCCTATTCAGAACACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104799 TGATGCCTTATGGCACTGGACTGACCCCACAGCCTATTCAGAACACCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCTGTCTATTTTGGAAGAGCAACAAAGGCAGCAGCAGCAACAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104849 AGTCTGTCTATTTTGGAAGAGCAACAAAGGCAGCAGCAGCAACAACAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG   CAGCAACAGCA  A CAGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||---|||||||||||--|-||||||||||
 104899 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236 AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104949 AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGGCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286 GCAGCTGCAGCCGTTCAGCAGTCAACGTCCCAGCAGGCAACACAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104999 GCAGCTGCAGCCGTTCAGCAGTCAACGTCCCAGCAGGCAACACAGGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 CTCAGGCCAGGCACCACAGCTCTTCCACTCACAGACTCTCACAACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105049 CTCAGGCCAGGCACCACAGCTCTTCCACTCACAGACTCTCACAACTGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 CCTTGCCGGGCACCACTCCACTGTATCCCTCCCCCATGACTCCCATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105099 CCTTGCCGGGCACCACTCCACTGTATCCCTCCCCCATGACTCCCATGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 CCCATCACTCCTGCCACGCCAGCTTCGGAGAGTTCTGGGATTGTACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105149 CCCATCACTCCTGCCACGCCAGCTTCGGAGAGTTCTGGGATTGTACCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 GCTGCA         AAATATTGTATCCACAGTGAATCTTGGTTGTAAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105199 GCTGCAGTG...CAGAAATATTGTATCCACAGTGAATCTTGGTTGTAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 TTGACCTAAAGACCATTGCACTTCGTGCCCGAAACGCCGAATATAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107551 TTGACCTAAAGACCATTGCACTTCGTGCCCGAAACGCCGAATATAATCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 AAG         CGGTTTGCTGCGGTAATCATGAGGATAAGAGAGCCACG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107601 AAGGTT...TAGCGGTTTGCTGCGGTAATCATGAGGATAAGAGAGCCACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 AACCACGGCACTGATTTTCAGTTCTGGGAAAATGGTGTGCACAGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109927 AACCACGGCACTGATTTTCAGTTCTGGGAAAATGGTGTGCACAGGAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668 AGAG         TGAAGAACAGTCCAGACTGGCAGCAAGAAAATATGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109977 AGAGGTA...TAGTGAAGAACAGTCCAGACTGGCAGCAAGAAAATATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709 AGAGTTGTACAGAAGTTGGGTTTTCCAGCTAAGTTCTTGGACTTCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112620 AGAGTTGTACAGAAGTTGGGTTTTCCAGCTAAGTTCTTGGACTTCAAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 TCAGAACATGGTGGGGAGCTGTGATGTGAAGTTTCCTATAAGGTTAGAAG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112670 TCAGAATATGGTGGGGAGCTGTGATGTGAAGTTTCCTATAAGGTTAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 GCCTTGTGCTCACCCACCAACAATTTAGTAG         TTATGAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112720 GCCTTGTGCTCACCCACCAACAATTTAGTAGGTA...TAGTTATGAGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 GAGTTATTTCCTGGTTTAATCTACAGAATGATCAAACCCAGAATTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114391 GAGTTATTTCCTGGTTTAATCTACAGAATGATCAAACCCAGAATTGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 CCTTATTTTTGTTTCTGGAAAAGTTGTATTAACAG         GTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114441 CCTTATTTTTGTTTCTGGAAAAGTTGTATTAACAGGTA...TAGGTGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 AAGTCAGAGCAGAAATTTATGAAGCATTTGAAAACATCTACCCTATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115163 AAGTCAGAGCAGAAATTTATGAAGCATTTGAAAACATCTACCCTATTCTA

   1050     .    :    .    :
    991 AAGGGATTCAGGAAGACGACG
        |||||||||||||||||||||
 115213 AAGGGATTCAGGAAGACGACG