seq1 = pF1KE1594.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE1594/gi568815588f_35037836.tfa (gi568815588f:35037836_35311800), 273965 bp

>pF1KE1594 900
>gi568815588f:35037836_35311800 (Chr10)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-168  (110533-110656)   100% ->
169-266  (141054-141151)   100% ->
267-409  (141299-141441)   100% ->
410-598  (150365-150553)   100% ->
599-755  (169060-169216)   100% ->
756-900  (173821-173965)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAATGTGCAAGGAAAAAATATATTAAGACAAATCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGAGCAAATGTGCAAGGAAAAAATATATTAAGACAAATCCAAGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    ACAAATGACCATGGAAACAGTTGAATCCCAGCATGATGGAAGTATAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110530 CAGACAAATGACCATGGAAACAGTTGAATCCCAGCATGATGGAAGTATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCTTCTTTGACAGAGAGCAAGTCTGCTCATGTGCAGACTCAGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110580 CAGCTTCTTTGACAGAGAGCAAGTCTGCTCATGTGCAGACTCAGACTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAAATTCAATCCCTGCTTTAGCTCAG         GTAGCAGCAATTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110630 CAAAATTCAATCCCTGCTTTAGCTCAGGTA...TAGGTAGCAGCAATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGACAGATGAATCTGCAGAATCAGAAGGTGTAATTGATTCTCATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141068 AGAGACAGATGAATCTGCAGAATCAGAAGGTGTAATTGATTCTCATAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTAGAGAAATCCTTTCACGAAGACCCTCTTATAG         GAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 141118 GTAGAGAAATCCTTTCACGAAGACCCTCTTATAGGTA...TAGGAAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGAATGAACTGTCCTCTGATGTGCCTGGTGTTCCCAAGATTGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141306 CTGAATGAACTGTCCTCTGATGTGCCTGGTGTTCCCAAGATTGAAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGATCAGAGGAAGAAGGAACACCACCTAGTATTGCTACCATGGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141356 GAGATCAGAGGAAGAAGGAACACCACCTAGTATTGCTACCATGGCAGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAACTAGCATATATCAGACTAGCACGGGGCAATACA         TTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 141406 CAACTAGCATATATCAGACTAGCACGGGGCAATACAGTA...AAGTTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATAGCCCAAGGTGGAACAATCCAGATTTCTAACCCAGGATCTGATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150370 ATAGCCCAAGGTGGAACAATCCAGATTTCTAACCCAGGATCTGATGGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGGGACTGCAGGCATTAACAATGACAAATTCAGGAGCTCCTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150420 TCAGGGACTGCAGGCATTAACAATGACAAATTCAGGAGCTCCTCCACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGCTACAATTGTACAGTACGCAGCACAATCAGCTGATGGCACACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150470 GTGCTACAATTGTACAGTACGCAGCACAATCAGCTGATGGCACACAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTTTGTCCCAGGCAGCCAGGTTGTTGTTCAAG         CTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 150520 TTCTTTGTCCCAGGCAGCCAGGTTGTTGTTCAAGGTA...CAGCTGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGTGACATGCCAACTTACCAGATCCGAGCTCCTACTGCTGCTTTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169067 TGGTGACATGCCAACTTACCAGATCCGAGCTCCTACTGCTGCTTTGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGGAGTGGTGATGGCTGCATCGCCCGGAAGTTTGCACAGTCCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169117 AGGGAGTGGTGATGGCTGCATCGCCCGGAAGTTTGCACAGTCCCCAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGCAGAAGAAGCAACACGCAAACGAGAGCTGAGGCTAATGAAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169167 CTGGCAGAAGAAGCAACACGCAAACGAGAGCTGAGGCTAATGAAAAACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756          GGAAGCTGCCAAAGAATGTCGACGTCGAAAGAAAGAATATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169217 GTG...CAGGGAAGCTGCCAAAGAATGTCGACGTCGAAAGAAAGAATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAAAATGTCTGGAGAGCCGAGTTGCAGTGCTGGAAGTCCAGAACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173862 TAAAATGTCTGGAGAGCCGAGTTGCAGTGCTGGAAGTCCAGAACAAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTATAGAGGAACTTGAAACCTTGAAAGACATTTGTTCTCCCAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173912 CTTATAGAGGAACTTGAAACCTTGAAAGACATTTGTTCTCCCAAAACAGA

    950 
    897 TTAC
        ||||
 173962 TTAC