seq1 = pF1KE1588.tfa, 306 bp
seq2 = pF1KE1588/gi568815593r_10581059.tfa (gi568815593r:10581059_10861068), 280010 bp

>pF1KE1588 306
>gi568815593r:10581059_10861068 (Chr5)

(complement)

55-152  (112797-112894)   100% ->
153-195  (177498-177540)   100% ->
196-306  (179900-180010)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     55 GTGAAAGCTGGTGGAATGCGAATTGTGCAGAAACACCCACATACAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112797 GTGAAAGCTGGTGGAATGCGAATTGTGCAGAAACACCCACATACAGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 CACCAAAGAAGAGAAAGACAAGGATGACCAGGAATGGGAAAGCCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112847 CACCAAAGAAGAGAAAGACAAGGATGACCAGGAATGGGAAAGCCCCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153        TCCACCTAAACCCACTGTGTTCATCTCTGGGGTCATCGCCCGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112897 G...CAGTCCACCTAAACCCACTGTGTTCATCTCTGGGGTCATCGCCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196          GGTGACAAAGATTTCCCCCCGGCGGCTGCGCAGGTGGCTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177541 GTA...CAGGGTGACAAAGATTTCCCCCCGGCGGCTGCGCAGGTGGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237 CCAGAAGCCGCATGCCTCCATGGACAAGCATCCTTCCCCAAGAACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179941 CCAGAAGCCGCATGCCTCCATGGACAAGCATCCTTCCCCAAGAACCCAGC

    250     .    :    .    :
    287 ACATCCAGCAGCCACGCAAG
        ||||||||||||||||||||
 179991 ACATCCAGCAGCCACGCAAG