seq1 = pF1KE1579.tfa, 243 bp
seq2 = pF1KE1579/gi568815597r_9750721.tfa (gi568815597r:9750721_9972064), 221344 bp

>pF1KE1579 243
>gi568815597r:9750721_9972064 (Chr1)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-193  (100788-100882)   97% ->
194-243  (121295-121344)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGCGAGGGAGCTCCCGGGAAGAGTCCGGAGGAGATGTACATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCGCGAGGGAGCTCCCGGGAAGAGTCCGGAGGAGATGTACATTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGAAGGTCCGAGTGCTGCTCATGCTGCGGAAGATGGGATCAAAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GCAGAAGGTCCGAGTGCTGCTCATGCTGCGGAAGATGGGATCAAACGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      CTGACAGCCAGCGAGGAGGAGTTCCTGCGCACCTATGCAGGGGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGCTGACAGCCAGCGAGGAGGAGTTCCTGCGCACCTATGCAGGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCAACAGCCAGCTCAGCCAGCTGCCTCCGCACTCCATCGACCAGGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-
 100833 GTCAACAGCCAGCTCAGCCAGCTGCCTCCGCACTCCATCGACCAGGGTG 

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         AGGACGTGGTGATGGCGTTTTCCAGGTCGGAGACGGAAG
        |->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100882 A GTT...CAGAGGACGTGGTGATGGCGTTTTCCAGGTCGGAGACGGAAG

    250     .    :
    233 ACCGGAGGCAG
        |||||||||||
 121334 ACCGGAGGCAG