seq1 = pF1KE1574.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KE1574/gi568815593f_135929056.tfa (gi568815593f:135929056_136163223), 234168 bp

>pF1KE1574 2049
>gi568815593f:135929056_136163223 (Chr5)

1-134  (100001-100134)   100% ->
135-233  (104708-104806)   100% ->
234-298  (115003-115067)   100% ->
299-459  (117280-117440)   100% ->
460-624  (117796-117960)   100% ->
625-771  (118219-118365)   100% ->
772-913  (120384-120525)   100% ->
914-1126  (123852-124064)   99% ->
1127-1264  (124888-125025)   100% ->
1265-1410  (125661-125806)   100% ->
1411-1547  (126625-126761)   99% ->
1548-1678  (127610-127740)   99% ->
1679-1803  (130035-130159)   100% ->
1804-1906  (131779-131881)   100% ->
1907-1986  (132445-132524)   100% ->
1987-2011  (133608-133632)   100% ->
2012-2049  (134131-134168)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTCTTCGTGCGGCTGCTGGCTCTCGCCCTGGCTCTGGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTCTTCGTGCGGCTGCTGGCTCTCGCCCTGGCTCTGGCCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGCCGCGACCCTGGCGGGTCCCGCCAAGTCGCCCTACCAGCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGCCGCGACCCTGGCGGGTCCCGCCAAGTCGCCCTACCAGCTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGCACAGCAGGCTCCGGGGCCGCCAGCACGG         CCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 TGCAGCACAGCAGGCTCCGGGGCCGCCAGCACGGGTA...CAGCCCCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTGTGCTGTGCAGAAGGTTATTGGCACTAATAGGAAGTACTTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104715 GTGTGTGCTGTGCAGAAGGTTATTGGCACTAATAGGAAGTACTTCACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCAAGCAGTGGTACCAAAGGAAAATCTGTGGCAAATCAAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104765 CTGCAAGCAGTGGTACCAAAGGAAAATCTGTGGCAAATCAACGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  AGTCATCAGCTACGAGTGCTGTCCTGGATATGAAAAGGTCCCTGGGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115002 GAGTCATCAGCTACGAGTGCTGTCCTGGATATGAAAAGGTCCCTGGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGGCTGTCCAGCAG         CCCTACCACTCTCAAACCTTTACGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115052 AAGGGCTGTCCAGCAGGTG...CAGCCCTACCACTCTCAAACCTTTACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACCCTGGGAGTCGTTGGATCCACCACCACTCAGCTGTACACGGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117305 GACCCTGGGAGTCGTTGGATCCACCACCACTCAGCTGTACACGGACCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGAGAAGCTGAGGCCTGAGATGGAGGGGCCCGGCAGCTTCACCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117355 CGGAGAAGCTGAGGCCTGAGATGGAGGGGCCCGGCAGCTTCACCATCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCCTAGCAACGAGGCCTGGGCCTCCTTGCCAGCT         GAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117405 GCCCCTAGCAACGAGGCCTGGGCCTCCTTGCCAGCTGTG...TAGGAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGGACTCCCTGGTCAGCAATGTCAACATTGAGCTGCTCAATGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117801 GCTGGACTCCCTGGTCAGCAATGTCAACATTGAGCTGCTCAATGCCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTACCATATGGTGGGCAGGCGAGTCCTGACTGATGAGCTGAAACACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117851 GCTACCATATGGTGGGCAGGCGAGTCCTGACTGATGAGCTGAAACACGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGACCCTCACCTCTATGTACCAGAATTCCAACATCCAGATCCACCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117901 ATGACCCTCACCTCTATGTACCAGAATTCCAACATCCAGATCCACCACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCTAATGGG         ATTGTAACTGTGAACTGTGCCCGGCTGCTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117951 TCCTAATGGGGTA...CAGATTGTAACTGTGAACTGTGCCCGGCTGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGCCGACCACCATGCAACCAACGGGGTGGTGCACCTCATCGATAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118250 AAGCCGACCACCATGCAACCAACGGGGTGGTGCACCTCATCGATAAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCTCCACCATCACCAACAACATCCAGCAGATCATTGAGATCGAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118300 ATCTCCACCATCACCAACAACATCCAGCAGATCATTGAGATCGAGGACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTTGAGACCCTTCGG         GCTGCTGTGGCTGCATCAGGGCTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118350 CTTTGAGACCCTTCGGGTA...CAGGCTGCTGTGGCTGCATCAGGGCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACACGATGCTTGAAGGTAACGGCCAGTACACGCTTTTGGCCCCGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120409 ACACGATGCTTGAAGGTAACGGCCAGTACACGCTTTTGGCCCCGACCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGCCTTCGAGAAGATCCCTAGTGAGACTTTGAACCGTATCCTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120459 GAGGCCTTCGAGAAGATCCCTAGTGAGACTTTGAACCGTATCCTGGGCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCAGAAGCCCTGAGAG         ACCTGCTGAACAACCACATCTTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120509 CCCAGAAGCCCTGAGAGGTG...CAGACCTGCTGAACAACCACATCTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGTCAGCTATGTGTGCTGAAGCCATCGTTGCGGGGCTGTCTGTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 123876 AGTCAGCTATGTGTGCTGAAGCCATCGTTGCGGGGCTGTCTGTAGAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGAGGGCACGACACTGGAGGTGGGCTGCAGCGGGGACATGCTCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123926 CTGGAGGGCACGACACTGGAGGTGGGCTGCAGCGGGGACATGCTCACTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACGGGAAGGCGATCATCTCCAATAAAGACATCCTAGCCACCAACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123976 CAACGGGAAGGCGATCATCTCCAATAAAGACATCCTAGCCACCAACGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGATCCACTACATTGATGAGCTACTCATCCCAGACTCAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 124026 TGATCCACTACATTGATGAGCTACTCATCCCAGACTCAGGTA...TAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGACACTATTTGAATTGGCTGCAGAGTCTGATGTGTCCACAGCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 AAGACACTATTTGAATTGGCTGCAGAGTCTGATGTGTCCACAGCCATTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTTTTCAGACAAGCCGGCCTCGGCAATCATCTCTCTGGAAGTGAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124940 CCTTTTCAGACAAGCCGGCCTCGGCAATCATCTCTCTGGAAGTGAGCGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGACCCTCCTGGCTCCCCTGAATTCTGTATTCAAAG         ATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124990 TGACCCTCCTGGCTCCCCTGAATTCTGTATTCAAAGGTA...TAGATGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACCCCTCCAATTGATGCCCATACAAGGAATTTGCTTCGGAACCACATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125666 ACCCCTCCAATTGATGCCCATACAAGGAATTTGCTTCGGAACCACATAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAAAGACCAGCTGGCCTCTAAGTATCTGTACCATGGACAGACCCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125716 TAAAGACCAGCTGGCCTCTAAGTATCTGTACCATGGACAGACCCTGGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTCTGGGCGGCAAAAAACTGAGAGTTTTTGTTTATCGTAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125766 CTCTGGGCGGCAAAAAACTGAGAGTTTTTGTTTATCGTAATGTA...CAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGCCTTTGCATTGAGAACAGCTGCATCGCGGCCCACGACAAGAGGGGGAG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126625 AGCCTCTGCATTGAGAACAGCTGCATCGCGGCCCACGACAAGAGGGGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GTACGGGACCCTGTTCACGATGGACCGGGTGCTGACCCCCCCAATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126675 GTACGGGACCCTGTTCACGATGGACCGGGTGCTGACCCCCCCAATGGGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTGTCATGGATGTCCTGAAGGGAGACAATCGCTTTAG         CATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126725 CTGTCATGGATGTCCTGAAGGGAGACAATCGCTTTAGGTA...CAGCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTGGTAGCTGCCATCCAGTCTGCAGGACTGACGGAGACCCTCAACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127614 CTGGTAGCTGCCATCCAGTCTGCAGGACTGACGGAGACCCTCAACCGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGGAGTCTACACAGTCTTCGCTCCCACAAATGAAGCCTTCCGAGCCCTGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 127664 AGGAGTCTACACAGTCTTTGCTCCCACAAATGAAGCCTTCCGAGCCCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CACCAAGAGAACGGAGCAGACTCTTGG         GAGATGCCAAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127714 CACCAAGAGAACGGAGCAGACTCTTGGGTA...CAGGAGATGCCAAGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTTGCCAACATCCTGAAATACCACATTGGTGATGAAATCCTGGTTAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130049 CTTGCCAACATCCTGAAATACCACATTGGTGATGAAATCCTGGTTAGCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGGCATCGGGGCCCTGGTGCGGCTAAAGTCTCTCCAAGGTGACAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130099 AGGCATCGGGGCCCTGGTGCGGCTAAAGTCTCTCCAAGGTGACAAGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AAGTCAGCTTG         AAAAACAATGTGGTGAGTGTCAACAAGGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130149 AAGTCAGCTTGGTA...TAGAAAAACAATGTGGTGAGTGTCAACAAGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCTGTTGCCGAGCCTGACATCATGGCCACAAATGGCGTGGTCCATGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131809 CCTGTTGCCGAGCCTGACATCATGGCCACAAATGGCGTGGTCCATGTCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CACCAATGTTCTGCAGCCTCCAG         CCAACAGACCTCAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131859 CACCAATGTTCTGCAGCCTCCAGGTA...CAGCCAACAGACCTCAGGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GAGGGGATGAACTTGCAGACTCTGCGCTTGAGATCTTCAAACAAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132463 GAGGGGATGAACTTGCAGACTCTGCGCTTGAGATCTTCAAACAAGCATCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCGTTTTCCAGG         GCTTCCCAGAGGTCTGTGCGACTAG    
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||>>>.
 132513 GCGTTTTCCAGGGTA...CAGGCTTCCCAGAGGTCTGTGCGACTAGGTG.

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :
   2012      CCCCTGTCTATCAAAAGTTATTAGAGAGGATGAAGCAT
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133637 ..CAGCCCCTGTCTATCAAAAGTTATTAGAGAGGATGAAGCAT