seq1 = pF1KE1573.tfa, 2880 bp
seq2 = pF1KE1573/gi568815583f_69315994.tfa (gi568815583f:69315994_69546942), 230949 bp

>pF1KE1573 2880
>gi568815583f:69315994_69546942 (Chr15)

1-81  (99993-100070)   95% ->
82-210  (101390-101518)   100% ->
211-316  (105654-105759)   100% ->
317-453  (105999-106135)   100% ->
454-563  (106333-106442)   100% ->
564-734  (107166-107336)   100% ->
735-847  (110077-110189)   100% ->
848-969  (110343-110464)   100% ->
970-1072  (113118-113220)   100% ->
1073-1152  (119490-119569)   100% ->
1153-1272  (119659-119778)   100% ->
1273-1396  (120145-120268)   100% ->
1397-1555  (120571-120729)   98% ->
1556-1713  (122255-122412)   100% ->
1714-1887  (123911-124084)   100% ->
1888-2067  (124315-124494)   99% ->
2068-2379  (124775-125086)   100% ->
2380-2631  (128797-129048)   100% ->
2632-2714  (130016-130098)   100% ->
2715-2796  (130290-130371)   100% ->
2797-2868  (130878-130949)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTCAGCGAGAGCTAAGACACCCCGGAAACCTACCGTGAAAAAAGG
        |||| --|||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99993 ATGAC  CAG GAGAGCTAAGACACCCCGGAAACCTACCGTGAAAAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCAAACGAACCTTAAAGACCCAGTTGGG         GTATACTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100040 GTCCCAAACGAACCTTAAAGACCCAGTTGGGGTA...CAGGTATACTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGTGCGCCCACTGGGCTTTCCTGATCAAGAGTGTTGCATAGAAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101400 GGGTGCGCCCACTGGGCTTTCCTGATCAAGAGTGTTGCATAGAAGTGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATAATACAACTGTTCAGCTTCATACTCCTGAGGGCTACAGACTCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101450 AATAATACAACTGTTCAGCTTCATACTCCTGAGGGCTACAGACTCAACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATGGAGACTATAAGGAG         ACTCAGTATTCATTTAAACAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101500 AAATGGAGACTATAAGGAGGTA...CAGACTCAGTATTCATTTAAACAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TATTTGGCACTCACACCACCCAGAAGGAACTCTTTGATGTTGTGGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105676 TATTTGGCACTCACACCACCCAGAAGGAACTCTTTGATGTTGTGGCTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCTTGGTCAATGACCTCATTCATGGCAAAAATG         GTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105726 CCCTTGGTCAATGACCTCATTCATGGCAAAAATGGTA...TAGGTCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTTACATATGGTGTGACGGGAAGTGGAAAAACTCACACAATGACTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106006 TTTTACATATGGTGTGACGGGAAGTGGAAAAACTCACACAATGACTGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCAGGGGAAGGAGGGCTGCTTCCTCGTTGTTTGGACATGATCTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 CTCCAGGGGAAGGAGGGCTGCTTCCTCGTTGTTTGGACATGATCTTTAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTATAGGGTCATTTCAAGCTAAACGATAT         GTTTTCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106106 AGTATAGGGTCATTTCAAGCTAAACGATATGTA...CAGGTTTTCAAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAATGATAGGAATAGTATGGATATACAGTGTGAGGTTGATGCCTTATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106344 TAATGATAGGAATAGTATGGATATACAGTGTGAGGTTGATGCCTTATTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACGTCAGAAAAGAGAAGCTATGCCCAATCCAAAGACTTCTTCTAGCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106394 AACGTCAGAAAAGAGAAGCTATGCCCAATCCAAAGACTTCTTCTAGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564         ACGACAAGTAGATCCAGAGTTTGCAGATATGATAACTGTACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106444 TA...TAGACGACAAGTAGATCCAGAGTTTGCAGATATGATAACTGTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAATTCTGCAAAGCAGAAGAGGTTGATGAAGATAGTGTCTATGGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107208 AGAATTCTGCAAAGCAGAAGAGGTTGATGAAGATAGTGTCTATGGTGTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGTCTCTTATATTGAAATATATAATAATTACATATATGATCTATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107258 TTGTCTCTTATATTGAAATATATAATAATTACATATATGATCTATTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGTGCCGTTTGATCCCATAAAACCCAA         ACCTCCACAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107308 GAGGTGCCGTTTGATCCCATAAAACCCAAGTA...TAGACCTCCACAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAATTGCTTCGTGAAGATAAGAACCATAACATGTATGTTGCAGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110089 TAAATTGCTTCGTGAAGATAAGAACCATAACATGTATGTTGCAGGATGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGAAGTTGAAGTGAAATCTACTGAGGAGGCTTTTGAAGTTTTCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110139 CAGAAGTTGAAGTGAAATCTACTGAGGAGGCTTTTGAAGTTTTCTGGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 G         GCCAGAAAAAGAGACGTATTGCTAATACCCATTTGAATCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110189 GGTT...TAGGCCAGAAAAAGAGACGTATTGCTAATACCCATTTGAATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAGTCCAGCCGTTCCCATAGCGTGTTCAACATTAAATTAGTTCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110383 TGAGTCCAGCCGTTCCCATAGCGTGTTCAACATTAAATTAGTTCAGGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTTGGATGCAGATGGAGACAATGTCTTACAG         GAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110433 CCTTGGATGCAGATGGAGACAATGTCTTACAGGTA...TAGGAAAAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAAATCACTATAAGTCAGTTGTCCTTGGTAGATCTTGCTGGAAGTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113127 CAAATCACTATAAGTCAGTTGTCCTTGGTAGATCTTGCTGGAAGTGAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACTAACCGGACCAGAGCAGAAGGGAACAGATTACGTGAAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113177 AACTAACCGGACCAGAGCAGAAGGGAACAGATTACGTGAAGCTGGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    GTAATATTAATCAGTCACTAATGACGCTAAGAACATGTATGGATGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119487 CAGGTAATATTAATCAGTCACTAATGACGCTAAGAACATGTATGGATGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTAAGAGAGAACCAAATGTATGGAACTAACAAG         ATGGTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119537 CTAAGAGAGAACCAAATGTATGGAACTAACAAGGTA...TAGATGGTTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ATATCGAGATTCAAAGTTAACCCATCTGTTCAAGAACTACTTTGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119667 ATATCGAGATTCAAAGTTAACCCATCTGTTCAAGAACTACTTTGATGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGGAAAAGTGCGGATGATCGTGTGTGTGAACCCCAAGGCTGAAGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119717 AAGGAAAAGTGCGGATGATCGTGTGTGTGAACCCCAAGGCTGAAGATTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAAGAAAACTTG         CAAGTCATGAGATTTGCGGAAGTGACTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119767 GAAGAAAACTTGGTA...TAGCAAGTCATGAGATTTGCGGAAGTGACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAAGTTGAAGTAGCAAGACCTGTAGACAAGGCAATATGTGGTTTAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120174 AGAAGTTGAAGTAGCAAGACCTGTAGACAAGGCAATATGTGGTTTAACGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTGGGAGGAGATACAGAAACCAGCCTCGAGGTCCAGTTGGAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120224 CTGGGAGGAGATACAGAAACCAGCCTCGAGGTCCAGTTGGAAATGGTA..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397     AACCATTGGTTACTGACGTGGTTTTGCAGAGTTTTCCACCTTTGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120274 .CAGAACCATTGGTTACTGACGTGGTTTTGCAGAGTTTTCCACCTTTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTCATGCGAAATTTTGGATATCAACGATGAGCAGACACTTCCAAGACTGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 120617 ATCATGCGAAATTTTGGATATCAACGATGAGCAGACACTTCCAAGGCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGAAGCCTTAGAGAAACGACATAACTTACGACAAATGATGATTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120667 TTGAAGCCTTAGAGAAACGACATAACTTACGACAAATGATGATTGATGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTTAACAAACAAT         CTAATGCTTTTAAAGCTTTGTTACAAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120717 TTTAACAAACAATGTA...CAGCTAATGCTTTTAAAGCTTTGTTACAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ATTTGACAATGCTGTTTTAAGTAAAGAAAACCACATGCAAGGGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122283 ATTTGACAATGCTGTTTTAAGTAAAGAAAACCACATGCAAGGGAAACTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATGAAAAGGAGAAGATGATCTCAGGACAGAAATTGGAAATAGAACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122333 ATGAAAAGGAGAAGATGATCTCAGGACAGAAATTGGAAATAGAACGACTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAAAAGAAAAACAAAACTTTAGAATATAAG         ATTGAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122383 GAAAAGAAAAACAAAACTTTAGAATATAAGGTT...TAGATTGAGATTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGAGAAAACAACTACTATCTATGAGGAAGATAAACGCAATTTGCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123922 AGAGAAAACAACTACTATCTATGAGGAAGATAAACGCAATTTGCAACAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AACTTGAAACTCAGAACCAGAAACTTCAGCGACAGTTTTCTGACAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123972 AACTTGAAACTCAGAACCAGAAACTTCAGCGACAGTTTTCTGACAAACGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AGATTAGAAGCCAGGTTGCAAGGCATGGTGACAGAAACGACAATGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124022 AGATTAGAAGCCAGGTTGCAAGGCATGGTGACAGAAACGACAATGAAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGAGAAAGAATGT         GAGCGTAGAGTGGCAGCCAAACAGCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124072 GGAGAAAGAATGTGTG...TAGGAGCGTAGAGTGGCAGCCAAACAGCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGATGCAGAATAAACTCTGGGTTAAAGATGAAAAGCTGAAACAACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124343 AGATGCAGAATAAACTCTGGGTTAAAGATGAAAAGCTGAAACAACTGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GCTATTGTTACTGAACCTAAAACTGAGAAGCCAGAGAGACCCTCTCGGGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124393 GCTATTGTTACCGAACCTAAAACTGAGAAGCCAGAGAGACCCTCTCGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GCGAGATCGAGAAAAAGTTACTCAAAGATCTGTTTCTCCATCACCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124443 GCGAGATCGAGAAAAAGTTACTCAAAGATCTGTTTCTCCATCACCTGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CT         CTTTCTAGTAACTATATTGCTCAGATTTCCAACGGCCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124493 CTGTA...TAGCTTTCTAGTAACTATATTGCTCAGATTTCCAACGGCCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CAACTCATGAGCCAGCCACAGCTACATAGGCGCTCTAACTCTTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124814 CAACTCATGAGCCAGCCACAGCTACATAGGCGCTCTAACTCTTGCAGCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CATTTCTGTAGCTTCCTGTATTTCGGAATGGGAGCAGAAAATTCCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124864 CATTTCTGTAGCTTCCTGTATTTCGGAATGGGAGCAGAAAATTCCTACGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 ACAACACACCTCTCAAAGTCACATCTATTGCAAGGCGTAGGCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124914 ACAACACACCTCTCAAAGTCACATCTATTGCAAGGCGTAGGCAGCAGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CCAGGACAAAGCAAAACTTGTATCGTGTCAGACAGAAGGCGAGGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124964 CCAGGACAAAGCAAAACTTGTATCGTGTCAGACAGAAGGCGAGGGATGTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CTGGACTGAAGGCAGGGAGGTGGTTCCTACATTCAGAAATGAGATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125014 CTGGACTGAAGGCAGGGAGGTGGTTCCTACATTCAGAAATGAGATAGAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TAGAAGAGGATCATTGCGGCAGG         TTACTCTTTCAACCTGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125064 TAGAAGAGGATCATTGCGGCAGGGTT...CAGTTACTCTTTCAACCTGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CAGAACGCACCACCAATTCGTCTCCGACACAGACGATCACGCTCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128815 CAGAACGCACCACCAATTCGTCTCCGACACAGACGATCACGCTCTGCAGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 AGACAGATGGGTAGATCATAAGCCCGCCTCTAACATGCAAACTGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128865 AGACAGATGGGTAGATCATAAGCCCGCCTCTAACATGCAAACTGAAACAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TCATGCAGCCACATGTCCCTCATGCCATCACAGTATCTGTTGCAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128915 TCATGCAGCCACATGTCCCTCATGCCATCACAGTATCTGTTGCAAATGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 AAGGCACTAGCTAAGTGTGAGAAGTACATGCTGACCCACCAGGAACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128965 AAGGCACTAGCTAAGTGTGAGAAGTACATGCTGACCCACCAGGAACTAGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 CTCCGATGGGGAGATTGAAACTAAACTAATTAAG         GGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129015 CTCCGATGGGGAGATTGAAACTAAACTAATTAAGGTA...TAGGGTGATA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 TTTATAAAACAAGGGGTGGTGGACAATCTGTTCAGTTTACTGATATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130023 TTTATAAAACAAGGGGTGGTGGACAATCTGTTCAGTTTACTGATATTGAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 ACTTTAAAGCAAGAATCACCAAATGG         TAGTCGAAAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 130073 ACTTTAAAGCAAGAATCACCAAATGGGTA...CAGTAGTCGAAAACGAAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 ATCTTCCACAGTAGCACCTGCCCAACCAGATGGTGCAGAGTCTGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130305 ATCTTCCACAGTAGCACCTGCCCAACCAGATGGTGCAGAGTCTGAATGGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 CCGATGTAGAAACAAGG         TGTTCTGTGGCTGTGGAGATGAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 130355 CCGATGTAGAAACAAGGGTA...CAGTGTTCTGTGGCTGTGGAGATGAGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2821 GCAGGATCCCAGCTGGGACCTGGATATCAGCATCACGCACAACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130902 GCAGGATCCCAGCTGGGACCTGGATATCAGCATCACGCACAACCCAAG