seq1 = pF1KE1571.tfa, 780 bp
seq2 = pF1KE1571/gi568815586f_6345096.tfa (gi568815586f:6345096_6551389), 206294 bp

>pF1KE1571 780
>gi568815586f:6345096_6551389 (Chr12)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-268  (100329-100460)   100% ->
269-448  (105078-105257)   100% ->
449-538  (105446-105535)   100% ->
539-658  (105800-105919)   100% ->
659-780  (106173-106294)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACGGCCACATCCCTGGTGGCTGTGCGTTCTGGGGACCCTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACGGCCACATCCCTGGTGGCTGTGCGTTCTGGGGACCCTGGTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTCAGCTACTCCAGCCCCCAAGAGCTGCCCAGAGAGGCACTACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTCAGCTACTCCAGCCCCCAAGAGCTGCCCAGAGAGGCACTACTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCAGGGAAAGCTGTGCTGCCAGATGTGTGAGCCAG         GAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 CTCAGGGAAAGCTGTGCTGCCAGATGTGTGAGCCAGGTA...CAGGAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCCTCGTGAAGGACTGTGACCAGCATAGAAAGGCTGCTCAGTGTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100334 TTCCTCGTGAAGGACTGTGACCAGCATAGAAAGGCTGCTCAGTGTGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGCATACCGGGGGTCTCCTTCTCTCCTGACCACCACACCCGGCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100384 TTGCATACCGGGGGTCTCCTTCTCTCCTGACCACCACACCCGGCCCCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGAGAGCTGTCGGCACTGTAACTCTG         GTCTTCTCGTTCGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100434 GTGAGAGCTGTCGGCACTGTAACTCTGGTG...CAGGTCTTCTCGTTCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTGCACCATCACTGCCAATGCTGAGTGTGCCTGTCGCAATGGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105092 AACTGCACCATCACTGCCAATGCTGAGTGTGCCTGTCGCAATGGCTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCAGGGACAAGGAGTGCACCGAGTGTGATCCTCTTCCAAACCCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105142 GTGCAGGGACAAGGAGTGCACCGAGTGTGATCCTCTTCCAAACCCTTCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACCGCTCGGTCGTCTCAGGCCCTGAGCCCACACCCTCAGCCCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105192 TGACCGCTCGGTCGTCTCAGGCCCTGAGCCCACACCCTCAGCCCACCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTACCTTATGTCAGTG         AGATGCTGGAGGCCAGGACAGCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105242 TTACCTTATGTCAGTGGTA...CAGAGATGCTGGAGGCCAGGACAGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCACATGCAGACTCTGGCTGACTTCAGGCAGCTGCCTGCCCGGACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105471 GCACATGCAGACTCTGGCTGACTTCAGGCAGCTGCCTGCCCGGACTCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTACCCACTGGCCAC         CCCAAAGATCCCTGTGCAGCTCCGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105521 CTACCCACTGGCCACGTG...CAGCCCAAAGATCCCTGTGCAGCTCCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTATTCGCATCCTTGTGATCTTCTCTGGAATGTTCCTTGTTTTCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105826 TTTATTCGCATCCTTGTGATCTTCTCTGGAATGTTCCTTGTTTTCACCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCGGGGCCCTGTTCCTCCATCAACGAAGGAAATATAGATCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105876 GGCCGGGGCCCTGTTCCTCCATCAACGAAGGAAATATAGATCAAGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    ACAAAGGAGAAAGTCCTGTGGAGCCTGCAGAGCCTTGTCGTTACAGC
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 106170 CAGACAAAGGAGAAAGTCCTGTGGAGCCTGCAGAGCCTTGTCATTACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCCCCAGGGAGGAGGAGGGCAGCACCATCCCCATCCAGGAGGATTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106220 TGCCCCAGGGAGGAGGAGGGCAGCACCATCCCCATCCAGGAGGATTACCG

    800     .    :    .    :    .
    756 AAAACCGGAGCCTGCCTGCTCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||
 106270 AAAACCGGAGCCTGCCTGCTCCCCC