seq1 = pF1KE1566.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE1566/gi568815596f_203228515.tfa (gi568815596f:203228515_203527349), 298835 bp

>pF1KE1566 1425
>gi568815596f:203228515_203527349 (Chr2)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-285  (138363-138530)   100% ->
286-462  (151694-151870)   100% ->
463-560  (162532-162629)   100% ->
561-707  (166186-166332)   100% ->
708-832  (167142-167266)   100% ->
833-991  (174062-174220)   100% ->
992-1078  (182771-182857)   100% ->
1079-1252  (188394-188567)   100% ->
1253-1425  (198663-198835)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTGCAGATGCTGCTGGAAGAGGAAATCCCGGGGGGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTGCAGATGCTGCTGGAAGAGGAAATCCCGGGGGGCCGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCTCTTCGACAGCTACACAAATCTGGAACGGGTGGCCGATTACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCTCTTCGACAGCTACACAAATCTGGAACGGGTGGCCGATTACTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAACAACTACATACAG         TCAGCAGATAAGCAGAGAGCCCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAACAACTACATACAGGTG...CAGTCAGCAGATAAGCAGAGAGCCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAAACCAAAGCCTACACCACCCAATCCTTAGCAAGTGTTGCCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138387 GAAGAAACCAAAGCCTACACCACCCAATCCTTAGCAAGTGTTGCCTATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATAAACACCTTGGCCAACAATGTCCTGCAGATGCTGGATATCCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138437 GATAAACACCTTGGCCAACAATGTCCTGCAGATGCTGGATATCCAGGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGCTACGAAGGATGGAATCTTCAATCAATCATATTTCACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 138487 CCCAGCTACGAAGGATGGAATCTTCAATCAATCATATTTCACAAGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    ACAGTTGATATTCATAAAGAGAAAGTTGCAAGAAGAGAAATTGGTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151691 CAGACAGTTGATATTCATAAAGAGAAAGTTGCAAGAAGAGAAATTGGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTGACTACCAATAAAAACACTTCAAGGACACATAAGATTATTGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151741 TTTGACTACCAATAAAAACACTTCAAGGACACATAAGATTATTGCTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACCTTGAACGACCAGTTCGTTATATTAGAAAACCTATTGACTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151791 CCAACCTTGAACGACCAGTTCGTTATATTAGAAAACCTATTGACTATACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTCTAGATGATATTGGACATGGAGTAAAG         GTGAGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 151841 ATTCTAGATGATATTGGACATGGAGTAAAGGTA...TAGGTGAGTACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAACATGAAGATGGGTGGGCTGCCGCGTACAACACCTCCAACTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162543 GAACATGAAGATGGGTGGGCTGCCGCGTACAACACCTCCAACTCAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCCTAGTCCCCCTATGTCAGGGAAAGGGACACTTGG         GCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 162593 CCCCTAGTCCCCCTATGTCAGGGAAAGGGACACTTGGGTG...TAGGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACTCCCCCTATCGCACACTGGAGCCAGTGCGTCCTCCAGTGGTACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166190 CACTCCCCCTATCGCACACTGGAGCCAGTGCGTCCTCCAGTGGTACCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATTACGTACCTAGCCCAACCCGTAATATGGCTCCCTCGCAGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166240 TGATTACGTACCTAGCCCAACCCGTAATATGGCTCCCTCGCAGCAGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGTGAGGACAGCTTCTGTGAATCAAAGAAATCGAACTTACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 166290 CTGTGAGGACAGCTTCTGTGAATCAAAGAAATCGAACTTACAGGTA...T

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708   CAGCAGTGGGAGTAGTGGAGGGAGCCACCCAAGTAGTCGGAGCAGCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167140 AGCAGCAGTGGGAGTAGTGGAGGGAGCCACCCAAGTAGTCGGAGCAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCGAGAGAACAGTGGAAGTGGTAGTGTGGGGGTTCCTATTGCTGTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167190 TCGAGAGAACAGTGGAAGTGGTAGTGTGGGGGTTCCTATTGCTGTTCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCCATCTCCTCCCAGTGTCTTTCCAG         GTCATCCTGTACAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 167240 CTCCATCTCCTCCCAGTGTCTTTCCAGGTA...CAGGTCATCCTGTACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCTACAGCATGAATAGGCCTGCCTCTCGCCATACTCCCCCAACAATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174076 TTCTACAGCATGAATAGGCCTGCCTCTCGCCATACTCCCCCAACAATAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGCTCGTTGCCCTATAGACGCCCTCCTTCCATTACTTCACAAACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174126 GGGCTCGTTGCCCTATAGACGCCCTCCTTCCATTACTTCACAAACAAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCAGAATCAGATGAATGGAGGACCTTTTTATAGCCAGAATCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 174176 TTCAGAATCAGATGAATGGAGGACCTTTTTATAGCCAGAATCCAGGTT..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992     TATCTCTTGCTCCTCCTCCTCCCTCCATCCTACAGGTAACTCCTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174226 .CAGTATCTCTTGCTCCTCCTCCTCCCTCCATCCTACAGGTAACTCCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTTACCTTTAATGGGATTTGTGGCCAGAGTCCAAGAAAATA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 182817 GTTACCTTTAATGGGATTTGTGGCCAGAGTCCAAGAAAATAGTA...TAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTCAGATACACCACCTCCACCGCCACCTGTGGAAGAACCAGTCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188394 TTTCAGATACACCACCTCCACCGCCACCTGTGGAAGAACCAGTCTTTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGTCTCCCCCACCTCCTCCTCCTCCAGAAGATTACGAAGAGGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188444 GAGTCTCCCCCACCTCCTCCTCCTCCAGAAGATTACGAAGAGGAGGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCTGTGGTTGAGTATAGTGATCCTTATGCTGAAGAGGACCCACCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188494 TGCTGTGGTTGAGTATAGTGATCCTTATGCTGAAGAGGACCCACCGTGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTCCACGTTCTTACTTGGAAAAGG         TTGTGGCAATTTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 188544 CTCCACGTTCTTACTTGGAAAAGGGTA...TAGTTGTGGCAATTTATGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TATACAAAAGACAAGGAAGATGAGCTGTCCTTTCAGGAAGGAGCCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198680 TATACAAAAGACAAGGAAGATGAGCTGTCCTTTCAGGAAGGAGCCATTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTATGTCATCAAGAAGAATGACGATGGTTGGTATGAGGGAGTTATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198730 TTATGTCATCAAGAAGAATGACGATGGTTGGTATGAGGGAGTTATGAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GAGTGACTGGGCTTTTTCCTGGGAATTACGTTGAGTCTATCATGCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198780 GAGTGACTGGGCTTTTTCCTGGGAATTACGTTGAGTCTATCATGCATTAT

   1500     .
   1420 TCTGAG
        ||||||
 198830 TCTGAG