seq1 = pF1KE1563.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE1563/gi568815588r_99942430.tfa (gi568815588r:99942430_100181625), 239196 bp

>pF1KE1563 1374
>gi568815588r:99942430_100181625 (Chr10)

(complement)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-420  (105519-105715)   100% ->
421-576  (111757-111912)   100% ->
577-759  (116256-116438)   100% ->
760-871  (117901-118012)   99% ->
872-1011  (124474-124613)   100% ->
1012-1111  (127180-127279)   100% ->
1112-1230  (132750-132868)   100% ->
1231-1374  (139053-139196)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGACCTGCTCTCAGTCTTCCTCCACCTCCTCCTTCTCTTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGACCTGCTCTCAGTCTTCCTCCACCTCCTCCTTCTCTTCAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTGCCCCGGTGACCTTTCGCCACCACCGCTATGATGATCTTGTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTGCCCCGGTGACCTTTCGCCACCACCGCTATGATGATCTTGTGCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGTACAAGGTGCAAAACGAATGCCCCGGCATCACGCGGGTCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGTACAAGGTGCAAAACGAATGCCCCGGCATCACGCGGGTCTACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGGGCGCAGCGTGGAGGGGAGACACCTCTACGTGCTGGAGTTCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGGGCGCAGCGTGGAGGGGAGACACCTCTACGTGCTGGAGTTCAGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACCCTGGAATCCACGAGCCCT         TGGAACCAGAGGTCAAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 CCACCCTGGAATCCACGAGCCCTGTA...CAGTGGAACCAGAGGTCAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGGGGAACATGCACGGCAACGAAGCGTTGGGCCGCGAGCTGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105537 ATGTGGGGAACATGCACGGCAACGAAGCGTTGGGCCGCGAGCTGATGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGCTGTCGGAGTTTCTGTGCGAGGAGTTCCGGAACAGGAACCAGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105587 CAGCTGTCGGAGTTTCTGTGCGAGGAGTTCCGGAACAGGAACCAGCGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTCCAGCTCATCCAGGACACGCGCATTCACATCCTGCCATCCATGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105637 CGTCCAGCTCATCCAGGACACGCGCATTCACATCCTGCCATCCATGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCGACGGCTACGAGGTGGCTGCTGCCCAG         GGCCCAAACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105687 CCGACGGCTACGAGGTGGCTGCTGCCCAGGTA...TAGGGCCCAAACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGGGTATCTAGTTGGCAGGAACAATGCAAATGGAGTGGACCTGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111769 CCTGGGTATCTAGTTGGCAGGAACAATGCAAATGGAGTGGACCTGAACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAACTTCCCTGATCTCAATACCTATATCTACTATAACGAGAAGTACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111819 CAACTTCCCTGATCTCAATACCTATATCTACTATAACGAGAAGTACGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCCCAACCACCACCTGCCCCTTCCAGACAACTGGAAAAGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111869 GCCCCAACCACCACCTGCCCCTTCCAGACAACTGGAAAAGTCAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577    GTGGAACCCGAGACCCGGGCGGTGATCCGGTGGATGCACTCCTTCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116253 CAGGTGGAACCCGAGACCCGGGCGGTGATCCGGTGGATGCACTCCTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTTGTTCTTTCAGCCAATCTCCACGGAGGGGCGGTGGTGGCCAATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116303 CTTTGTTCTTTCAGCCAATCTCCACGGAGGGGCGGTGGTGGCCAATTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGTATGACAAGTCCTTTGAGCACCGGGTCCGAGGGGTCCGCCGCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116353 CGTATGACAAGTCCTTTGAGCACCGGGTCCGAGGGGTCCGCCGCACCGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCACCCCCACGCCTGACGACAAGCTCTTCCAGAAG         CTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116403 AGCACCCCCACGCCTGACGACAAGCTCTTCCAGAAGGTA...TAGCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAGGTCTACTCCTATGCACATGGATGGATGTTCCAAGGTTGGAACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117906 CAAGGTCTACTCCTATGCACATGGATGGATGTTCCAAGGTTGGAACTGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGATTACTTCCCAGATGGCATCACCAATGGAGCTTCCTGGTATTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 117956 GAGATTACTTCCCAGATGGCATCACCAATGGGGCTTCCTGGTATTCTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCAAGG         GAATGCAAGACTTTAATTATCTCCATACCAACTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118006 AGCAAGGGTA...TAGGAATGCAAGACTTTAATTATCTCCATACCAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTTGAGATCACGCTGGAACTGAGTTGCGACAAGTTTCCCCCCGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124508 CTTTGAGATCACGCTGGAACTGAGTTGCGACAAGTTTCCCCCCGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGTTACAGCGGGAGTGGCTGGGTAATCGGGAAGCCCTAATCCAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124558 AGTTACAGCGGGAGTGGCTGGGTAATCGGGAAGCCCTAATCCAGTTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAACAG         GTTCACCAGGGCATCAAGGGAATGGTGCTTGATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124608 GAACAGGTA...CAGGTTCACCAGGGCATCAAGGGAATGGTGCTTGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAATTACAATAATCTCGCCAATGCTGTCATTTCTGTCAGTGGGATTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127215 GAATTACAATAATCTCGCCAATGCTGTCATTTCTGTCAGTGGGATTAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGATGTCACTTCAG         GTGACCATGGTGATTACTTCCGGCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 127265 ATGATGTCACTTCAGGTA...CAGGTGACCATGGTGATTACTTCCGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGCTTCCAGGTATCTACACTGTTAGTGCCACAGCACCTGGGTATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132776 CTGCTTCCAGGTATCTACACTGTTAGTGCCACAGCACCTGGGTATGACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGAGACAGTAACTGTGACCGTGGGTCCTGCGGAACCAACGTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 132826 AGAGACAGTAACTGTGACCGTGGGTCCTGCGGAACCAACGTTGGTG...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231   GTTAACTTCCACCTCAAAAGAAGCATCCCTCAAGTAAGCCCTGTGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139051 AGGTTAACTTCCACCTCAAAAGAAGCATCCCTCAAGTAAGCCCTGTGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGAGCTCCCAGCAGAAGGCACGGAGTCAGAGCCAAAGTGCAGCCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139101 AGAGCTCCCAGCAGAAGGCACGGAGTCAGAGCCAAAGTGCAGCCCCAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1329 CAGAAAGAAAGAAATGGAGATGAGGCAGCTGCAGAGAGGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139151 CAGAAAGAAAGAAATGGAGATGAGGCAGCTGCAGAGAGGCCCTGCC