seq1 = pF1KE1562.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KE1562/gi568815597r_221602415.tfa (gi568815597r:221602415_221839744), 237330 bp

>pF1KE1562 1446
>gi568815597r:221602415_221839744 (Chr1)

(complement)

1-811  (100001-100811)   100% ->
812-1183  (133279-133650)   100% ->
1184-1446  (137068-137330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCCGTCTCCTTTAGACGACAGGGTAGTAGTGGCACTATCTAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCCGTCTCCTTTAGACGACAGGGTAGTAGTGGCACTATCTAGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCCGACCTCAGGATCTCAACCTTTGTTTAGACTCTAGTTACCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCCGACCTCAGGATCTCAACCTTTGTTTAGACTCTAGTTACCTTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCAACCCAGGCAGTAACAGCCACCCTCCTGTCATCGCCACCACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCAACCCAGGCAGTAACAGCCACCCTCCTGTCATCGCCACCACCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTCCCTCAAGGCTGCGAATCTGACGTATATGCCCTCATCCAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTCCCTCAAGGCTGCGAATCTGACGTATATGCCCTCATCCAGCGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCCGCTCGCTGAATTGTGGATGCAGCAGTGCCAGCTGCTGCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCCGCTCGCTGAATTGTGGATGCAGCAGTGCCAGCTGCTGCACTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAACCTACGACAAGGACAATCAGGCCCAAACCCAAGCCATTGCCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAACCTACGACAAGGACAATCAGGCCCAAACCCAAGCCATTGCCGCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCACCACCACTGCCATCGGAACCTCTACCACCTGCCCTGCTAACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCACCACCACTGCCATCGGAACCTCTACCACCTGCCCTGCTAACCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTCAACAATAATGAGAATACAGGCTCTCTAAGTCCATCAAGTGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTCAACAATAATGAGAATACAGGCTCTCTAAGTCCATCAAGTGGGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAGCCCTGTGTCAGGGACCCCCAAGCAGCTAGCCAGCATCAAAATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCAGCCCTGTGTCAGGGACCCCCAAGCAGCTAGCCAGCATCAAAATAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACCCCAATGACTTGGCAAAGAAGATGACCAAATGCAGCAAGAGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACCCCAATGACTTGGCAAAGAAGATGACCAAATGCAGCAAGAGTCACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCGAGTCAGGGCCCTGTCATCATTGACTGCAGGCCCTTCATGGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCGAGTCAGGGCCCTGTCATCATTGACTGCAGGCCCTTCATGGAGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAAGAGTCACATCCAAGGAGCTGTCCACATTAACTGTGCCGATAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAAGAGTCACATCCAAGGAGCTGTCCACATTAACTGTGCCGATAAGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCGGCGGAGACTGCAGCAGGGCAAGATCACTGTCCTAGACTTGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCGGCGGAGACTGCAGCAGGGCAAGATCACTGTCCTAGACTTGATTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGTAGGGAAGGCAAGGACTCTTTCAAGAGGATCTTTTCCAAAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGTAGGGAAGGCAAGGACTCTTTCAAGAGGATCTTTTCCAAAGAAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAGTTTATGATGAGAATACCAATGAACCAAGCCGAGTGATGCCCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TAGTTTATGATGAGAATACCAATGAACCAAGCCGAGTGATGCCCTCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCACTTCACATAGTCCTCGAGTCCCTGAAGAGAGAAGGCAAAGAACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCACTTCACATAGTCCTCGAGTCCCTGAAGAGAGAAGGCAAAGAACCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTGTTGAAAG         GTGGACTTAGTAGTTTTAAGCAGAACCATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTGTTGAAAGGTA...TAGGTGGACTTAGTAGTTTTAAGCAGAACCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAAACCTCTGTGACAACTCCCTCCAGCTCCAAGAGTGCCGGGAGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133309 AAAACCTCTGTGACAACTCCCTCCAGCTCCAAGAGTGCCGGGAGGTGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGCGGCGCATCCGCGGCCTCGAGCTTGCTACCTCAGCCCATCCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133359 GGCGGCGCATCCGCGGCCTCGAGCTTGCTACCTCAGCCCATCCCCACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCCTGACATCGAGAACGCTGAGCTCACCCCCATCTTGCCCTTCCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133409 CCCTGACATCGAGAACGCTGAGCTCACCCCCATCTTGCCCTTCCTGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTGGCAATGAGCAGGATGCTCAGGACCTGGACACCATGCAGCGGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133459 TTGGCAATGAGCAGGATGCTCAGGACCTGGACACCATGCAGCGGCTGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATCGGCTACGTCATCAACGTCACCACTCATCTTCCCCTCTACCACTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133509 ATCGGCTACGTCATCAACGTCACCACTCATCTTCCCCTCTACCACTATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAAAGGCCTGTTCAACTACAAGCGGCTGCCAGCCACTGACAGCAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133559 GAAAGGCCTGTTCAACTACAAGCGGCTGCCAGCCACTGACAGCAACAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGAACCTGCGGCAGTACTTTGAAGAGGCTTTTGAGTTCATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 133609 AGAACCTGCGGCAGTACTTTGAAGAGGCTTTTGAGTTCATTGGTA...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184  AGGAAGCTCACCAGTGTGGGAAGGGGCTTCTCATCCACTGCCAGGCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137067 GAGGAAGCTCACCAGTGTGGGAAGGGGCTTCTCATCCACTGCCAGGCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGTGTCCCGCTCCGCCACCATCGTCATCGCTTACTTGATGAAGCACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137117 GGTGTCCCGCTCCGCCACCATCGTCATCGCTTACTTGATGAAGCACACTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GGATGACCATGACTGATGCTTATAAATTTGTCAAAGGCAAACGACCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137167 GGATGACCATGACTGATGCTTATAAATTTGTCAAAGGCAAACGACCAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ATCTCCCCAAACCTTAACTTCATGGGGCAGTTGCTAGAGTTCGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137217 ATCTCCCCAAACCTTAACTTCATGGGGCAGTTGCTAGAGTTCGAGGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CCTAAACAACGGTGTGACACCGAGAATCCTTACACCAAAGCTGATGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137267 CCTAAACAACGGTGTGACACCGAGAATCCTTACACCAAAGCTGATGGGCG

   1450     .    :
   1433 TGGAGACGGTTGTG
        ||||||||||||||
 137317 TGGAGACGGTTGTG