seq1 = pF1KE1559.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KE1559/gi568815587f_61002561.tfa (gi568815587f:61002561_61225836), 223276 bp

>pF1KE1559 1485
>gi568815587f:61002561_61225836 (Chr11)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-94  (112496-112534)   100% ->
95-400  (115615-115920)   100% ->
401-463  (116355-116417)   100% ->
464-805  (116674-117015)   100% ->
806-1099  (119051-119344)   100% ->
1100-1225  (120347-120472)   100% ->
1226-1279  (121324-121377)   100% ->
1280-1399  (122472-122591)   99% ->
1400-1485  (123191-123276)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCATGGGGTCTCTGCAACCGCTGGCCACCTTGTACCTGCTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCATGGGGTCTCTGCAACCGCTGGCCACCTTGTACCTGCTGGGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGG         TCGCTTCCTGCCTCGGACGGCTCAGCTGGTATGACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGTG...CAGTCGCTTCCTGCCTCGGACGGCTCAGCTGGTATGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAG         ATTTCCAGGCAAGGCTCACCCGTTCCAACTCGAAGTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112532 CAGGTA...CAGATTTCCAGGCAAGGCTCACCCGTTCCAACTCGAAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGGGCCAGCTGGAGGTCTACCTCAAGGACGGATGGCACATGGTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115653 CAGGGCCAGCTGGAGGTCTACCTCAAGGACGGATGGCACATGGTTTGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGAGCTGGGGCCGGAGCTCCAAGCAGTGGGAGGACCCCAGTCAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115703 CCAGAGCTGGGGCCGGAGCTCCAAGCAGTGGGAGGACCCCAGTCAAGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAAAGTCTGCCAGCGGCTGAACTGTGGGGTGCCCTTAAGCCTTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115753 CAAAAGTCTGCCAGCGGCTGAACTGTGGGGTGCCCTTAAGCCTTGGCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCTTGTCACCTACACACCTCAGAGCTCAATCATCTGCTACGGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115803 TTCCTTGTCACCTACACACCTCAGAGCTCAATCATCTGCTACGGACAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGCTCCTTCTCCAACTGCAGCCACAGCAGAAATGACATGTGTCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115853 GGGCTCCTTCTCCAACTGCAGCCACAGCAGAAATGACATGTGTCACTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGGCCTGACCTGCTTAG         AACCCCAGAAGACAACACCTCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 115903 TGGGCCTGACCTGCTTAGGTG...CAGAACCCCAGAAGACAACACCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGACAAGGCCCCCGCCCACCACAACTCCAGAGCCCACAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116378 ACGACAAGGCCCCCGCCCACCACAACTCCAGAGCCCACAGGTA...TAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCTCCCAGGCTGCAGCTGGTGGCACAGTCTGGCGGCCAGCACTGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116675 TCCTCCCAGGCTGCAGCTGGTGGCACAGTCTGGCGGCCAGCACTGTGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGTGGTGGAGTTCTACAGCGGCAGCCTGGGGGGTACCATCAGCTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116725 GCGTGGTGGAGTTCTACAGCGGCAGCCTGGGGGGTACCATCAGCTATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCAGGACAAGACCCAGGACCTGGAGAACTTCCTCTGCAACAACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116775 GCCCAGGACAAGACCCAGGACCTGGAGAACTTCCTCTGCAACAACCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGTGGCTCCTTCTTGAAGCATCTGCCAGAGACTGAGGCAGGCAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116825 GTGTGGCTCCTTCTTGAAGCATCTGCCAGAGACTGAGGCAGGCAGAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGACCCAGGGGAGCCACGGGAACACCAGCCCTTGCCAATCCAATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116875 AAGACCCAGGGGAGCCACGGGAACACCAGCCCTTGCCAATCCAATGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCCAGAACTCAAGCTGTACCTCCCTGGAGCATTGCTTCAGGAAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116925 ATCCAGAACTCAAGCTGTACCTCCCTGGAGCATTGCTTCAGGAAAATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCCCAGAAAAGTGGCCGAGTTCTTGCCCTCCTTTGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116975 GCCCCAGAAAAGTGGCCGAGTTCTTGCCCTCCTTTGCTCAGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTTCCAGCCCAAGGTGCAGAGCCGTCTGGTGGGGGGCAGCAGCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119051 GTTTCCAGCCCAAGGTGCAGAGCCGTCTGGTGGGGGGCAGCAGCATCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAGGCACCGTGGAGGTGCGCCAGGGGGCTCAGTGGGCAGCCCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119101 GAAGGCACCGTGGAGGTGCGCCAGGGGGCTCAGTGGGCAGCCCTGTGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGCTCTTCAGCCAGGAGCTCGCTGCGGTGGGAGGAGGTGTGCCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119151 CAGCTCTTCAGCCAGGAGCTCGCTGCGGTGGGAGGAGGTGTGCCGGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCAGTGTGGCAGCGTCAACTCCTATCGAGTGCTGGACGCTGGTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119201 AGCAGTGTGGCAGCGTCAACTCCTATCGAGTGCTGGACGCTGGTGACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACATCCCGGGGGCTCTTCTGTCCCCATCAGAAGCTGTCCCAGTGCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119251 ACATCCCGGGGGCTCTTCTGTCCCCATCAGAAGCTGTCCCAGTGCCACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACTTTGGGAGAGAAATTCCTACTGCAAGAAGGTGTTTGTCACAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119301 ACTTTGGGAGAGAAATTCCTACTGCAAGAAGGTGTTTGTCACATGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100    GCCAGGATCCAAACCCCGCAGGCCTGGCCGCAGGCACGGTGGCAAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120344 CAGGCCAGGATCCAAACCCCGCAGGCCTGGCCGCAGGCACGGTGGCAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATCATCCTGGCCCTGGTGCTCCTGGTGGTGCTGCTGGTCGTGTGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120394 ATCATCCTGGCCCTGGTGCTCCTGGTGGTGCTGCTGGTCGTGTGCGGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCTTGCCTACAAGAAGCTAGTGAAGAAAT         TCCGCCAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120444 CCTTGCCTACAAGAAGCTAGTGAAGAAATGTA...CAGTCCGCCAGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGCAGCGCCAGTGGATTGGCCCAACGGGAATGAACCAAAACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121336 AGCAGCGCCAGTGGATTGGCCCAACGGGAATGAACCAAAACAGTA...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1280  TGTCTTTCCATCGCAACCACACGGCAACCGTCCGATCCCATGCTGAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122471 GTGTCTTTCCATCGCAACCACACGGCAACCGTCCGATCCCATGCTGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCCCACAGCCTCCCACGTGGATAACGAATACAGCCAACCTCCCAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122521 CCCCACAGCCTCCCACGTGGATAACGAATACAGCCAACCTCCCAGGAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCGCCTGTCAGCTTATCCAG         CTCTGGAAGGGGTTCTGCAT
        ||| |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||| |||||||
 122571 CCCACCTGTCAGCTTATCCAGGTA...CAGCTCTGGAAGGGGCTCTGCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CGCTCCTCCATGCAGCCTGACAACTCCTCCGACAGTGACTATGATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123211 CGCTCCTCCATGCAGCCTGACAACTCCTCCGACAGTGACTATGATCTGCA

   1550     .    :    .
   1470 TGGGGCTCAGAGGCTG
        ||||||||||||||||
 123261 TGGGGCTCAGAGGCTG