seq1 = pF1KE1556.tfa, 1380 bp
seq2 = pF1KE1556/gi568815588r_115964401.tfa (gi568815588r:115964401_116372029), 407629 bp

>pF1KE1556 1380
>gi568815588r:115964401_116372029 (Chr10)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-334  (100915-101208)   100% ->
335-418  (102444-102527)   100% ->
419-755  (246473-246809)   99% ->
756-865  (275266-275375)   100% ->
866-1000  (278194-278328)   100% ->
1001-1182  (282108-282289)   100% ->
1183-1236  (306404-306457)   100% ->
1237-1380  (307486-307629)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCTGGCGACCCTGTACTTCGCGCTGCCGCTCTTGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGTTCCTGGCGACCCTGTACTTCGCGCTGCCGCTCTTGGGTA...CAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTCCTGTCGGCCGAAGTGAGCGGCGGAGACCGCCTGGATTGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 CTTGCTCCTGTCGGCCGAAGTGAGCGGCGGAGACCGCCTGGATTGCGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCCAGTGATCAGTGCCTGAAGGAGCAGAGCTGCAGCACCAAGTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 AAGCCAGTGATCAGTGCCTGAAGGAGCAGAGCTGCAGCACCAAGTACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGCTAAGGCAGTGCGTGGCGGGCAAGGAGACCAACTTCAGCCTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 ACGCTAAGGCAGTGCGTGGCGGGCAAGGAGACCAACTTCAGCCTGGCATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGCCTGGAGGCCAAGGATGAGTGCCGCAGCGCCATGGAGGCCCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 CGGCCTGGAGGCCAAGGATGAGTGCCGCAGCGCCATGGAGGCCCTGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGTCGCTCTACAACTGCCGCTGCAAGCGGGGTATGAAGAAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101116 AGAAGTCGCTCTACAACTGCCGCTGCAAGCGGGGTATGAAGAAGGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACTGCCTGCGCATTTACTGGAGCATGTACCAGAGCCTGCAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101166 AACTGCCTGCGCATTTACTGGAGCATGTACCAGAGCCTGCAGGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GAAATGATCTGCTGGAGGATTCCCCATATGAACCAGTTAACAGCAGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102442 AGGAAATGATCTGCTGGAGGATTCCCCATATGAACCAGTTAACAGCAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTCAGATATATTCCGGGTGGTCCCATTCATATCAG         TGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102492 TGTCAGATATATTCCGGGTGGTCCCATTCATATCAGGTA...CAGTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACATTCCCAAAGGGAACAACTGCCTGGATGCAGCGAAGGCCTGCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246478 CACATTCCCAAAGGGAACAACTGCCTGGATGCAGCGAAGGCCTGCAACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGACGACATTTGCAAGAAGTACAGGTCGGCGTACATCACCCCGTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246528 CGACGACATTTGCAAGAAGTACAGGTCGGCGTACATCACCCCGTGCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAGCGTGTCCAATGATGTCTGCAACCGCCGCAAGTGCCACAAGGCCCTC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246578 CCAGCGTGTCCAACGATGTCTGCAACCGCCGCAAGTGCCACAAGGCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGGCAGTTCTTTGACAAGGTCCCGGCCAAGCACAGCTACGGAATGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246628 CGGCAGTTCTTTGACAAGGTCCCGGCCAAGCACAGCTACGGAATGCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCTCCTGCCGGGACATCGCCTGCACAGAGCGGAGGCGACAGACCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246678 CTGCTCCTGCCGGGACATCGCCTGCACAGAGCGGAGGCGACAGACCATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCCTGTGTGCTCCTATGAAGAGAGGGAGAAGCCCAACTGTTTGAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246728 TGCCTGTGTGCTCCTATGAAGAGAGGGAGAAGCCCAACTGTTTGAATTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGGACTCCTGCAAGACGAATTACATCTGCAG         ATCTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 246778 CAGGACTCCTGCAAGACGAATTACATCTGCAGGTA...TAGATCTCGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCGGATTTTTTTACCAACTGCCAGCCAGAGTCAAGGTCTGTCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275275 TGCGGATTTTTTTACCAACTGCCAGCCAGAGTCAAGGTCTGTCAGCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTCTAAAGGAAAACTACGCTGACTGCCTCCTCGCCTACTCGGGGCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275325 GTCTAAAGGAAAACTACGCTGACTGCCTCCTCGCCTACTCGGGGCTTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 G         GCACAGTCATGACCCCCAACTACATAGACTCCAGTAGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275375 GGTA...TAGGCACAGTCATGACCCCCAACTACATAGACTCCAGTAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGTGTGGCCCCATGGTGTGACTGCAGCAACAGTGGGAACGACCTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278234 CAGTGTGGCCCCATGGTGTGACTGCAGCAACAGTGGGAACGACCTAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGTGCTTGAAATTTTTGAATTTCTTCAAGGACAATACATGTCTTA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 278284 AGTGCTTGAAATTTTTGAATTTCTTCAAGGACAATACATGTCTTAGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001     AAAATGCAATTCAAGCCTTTGGCAATGGCTCCGATGTGACCGTGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278334 .CAGAAAATGCAATTCAAGCCTTTGGCAATGGCTCCGATGTGACCGTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCAGCCAGCCTTCCCAGTACAGACCACCACTGCCACTACCACCACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282154 GCAGCCAGCCTTCCCAGTACAGACCACCACTGCCACTACCACCACTGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCCGGGTTAAGAACAAGCCCCTGGGGCCAGCAGGGTCTGAGAATGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282204 TCCGGGTTAAGAACAAGCCCCTGGGGCCAGCAGGGTCTGAGAATGAAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCCACTCATGTTTTGCCACCGTGTGCAAATTTACAG         GCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 282254 CCCACTCATGTTTTGCCACCGTGTGCAAATTTACAGGTG...CAGGCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAGCTGAAATCCAATGTGTCGGGCAATACACACCTCTGTATTTCCAAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 306409 GAAGCTGAAATCCAATGTGTCGGGCAATACACACCTCTGTATTTCCAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         GGTAATTATGAAAAAGAAGGTCTCGGTGCTTCCAGCCACATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306459 TA...CAGGGTAATTATGAAAAAGAAGGTCTCGGTGCTTCCAGCCACATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACCACAAAATCAATGGCTGCTCCTCCAAGCTGTGGTCTGAGCCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307528 ACCACAAAATCAATGGCTGCTCCTCCAAGCTGTGGTCTGAGCCCACTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGTCCTGGTGGTAACCGCTCTGTCCACCCTATTATCTTTAACAGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307578 GGTCCTGGTGGTAACCGCTCTGTCCACCCTATTATCTTTAACAGAAACAT

   1450 
   1379 CA
        ||
 307628 CA